Căn cứ Khoản 35 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC quy định về việc thông báo định mức thực tế của lượng sản phẩm đã sản xuất theo năm tài chính cho cơ quan hải quan như sau:

35. Điều 55 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“Điều 55. Định mức thực tế sản xuất hàng hóa gia công, hàng hóa sản xuất xuất khẩu

[...]

2. Tổ chức, cá nhân chịu trách nhiệm lưu trữ dữ liệu, chứng từ, tài liệu liên quan đến việc xác định định mức thực tế và thông báo định mức thực tế của lượng sản phẩm đã sản xuất theo năm tài chính cho cơ quan hải quan khi báo cáo quyết toán theo quy định tại khoản 2 Điều 60 Thông tư này.[...]”

Như vậy theo quy định trên, phế phẩm là vật liệu loại ra trong quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu không còn giá trị sử dụng ban đầu được thu hồi để làm nguyên liệu cho quá trình sản xuất khác không quy định trong hay ngoài định mức theo đó doanh nghiệp phải thông báo định mức thực tế của lượng sản phẩm đã sản xuất theo năm tài chính cho cơ quan hải quan khi báo cáo quyết toán theo quy định tại Khoản 39 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC.

Về thủ tục tiêu hủy được thực hiện theo quy định tại Điều 72 Thông tư 38/2015/TT-BTC. Theo đó, về thủ tục hải quan để tiến hành xử lý, xuất khẩu phế phẩm được quy định tại Khoản 42 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC. 

Bên cạnh đó, đối với hàng hóa sản xuất xuất khẩu có phế phẩm thì cũng phải kê khai, nộp thuế, cụ thể theo quy định tại Khoản 49 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC như sau:

“49. Điều 71 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“Điều 71. Thủ tục xử lý phế liệu, phế phẩm tiêu thụ nội địa, phế thải

Phế liệu, phế phẩm thu được trong quá trình sản xuất hàng xuất khẩu khi bán, tiêu thụ nội địa được miễn thuế nhập khẩu nhưng phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có), thuế bảo vệ môi trường (nếu có)...”

Ngoài ra, cơ sở muốn xử lý phế phầm của hàng hóa sản xuất xuất khẩu có thể tham khảo thêm quy định tại Công văn 1654/TCHQ-TXNK ngày 25/03/2019 của Tổng cục Hải quan về xử lý thuế đối với phế liệu, phế phẩm hàng sản xuất xuất khẩu thì để thực hiện việc tiêu hủy nguyên phụ liệu là phế liệu, phế phẩm tồn kho trước tiên công ty phải xác định nguồn gốc số phế liệu, phế phẩm trên có phát sinh trong quá trình sản xuất, có tính vào định mức khi báo cáo quyết toán sau này hay không để có phương án xử lý. Nếu phế liệu, phế phẩm không đáp ứng quy định về định mức; nguyên liệu, vật tư là phế liệu, phế phẩm không tham gia hay không phát sinh trong sản xuất sẽ không được miễn thuế. Khi đó công ty phải khai báo chuyển mục đích sử dụng theo loại hình A42 và nộp đủ các loại thuế.