Hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh và tiêu dùng ở Việt Nam là đối tượng chịu thuế GTGT, do đó các chính sách thuế về thuế GTGT sẽ được các doanh nghiệp quan tâm, đặc biệt liên quan đến vấn đề hoàn thuế.

Theo nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào, quy định tại Điều 14 Thông tư 219/2013/TT-BTC

“Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất.”

Các trường hợp tổn thất không được bồi thường được khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm: thiên tai, hoả hoạn, các trường hợp tổn thất không được bảo hiểm bồi thường, hàng hóa mất phẩm chất, quá hạn sử dụng phải tiêu hủy. Cơ sở kinh doanh phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để khấu trừ thuế;

Như vậy, trong trường hợp hàng hóa bị hư hỏng, tổn thất, lỗi hư hỏng này có thể phát sinh từ nguyên nhân chủ quan hay khách quan, dẫn đến việc buộc phải tiêu hủy hàng hóa, người nộp thuế có thể yêu cầu hoàn thuế GTGT đã nộp khi có tài liệu chứng minh rõ ràng.

Tuy nhiên, cần phân biệt rõ, nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT trên áp dụng đối với hàng hóa bị tổn thất, các trường hợp hàng hóa bị tổn thất, hư hại có thể hiểu do nguyên nhân sau:

- Trường hợp bất khả kháng do thiên tai, dịch bệnh, hỏa hoạn,…

- Do hết hạn sử dụng, bị hư hỏng do thay đổi quá trình sinh hóa tự nhiên.

- Bị mất, cháy, hỏng do cách vận chuyển, quản lý của đơn vị, doanh nghiệp.

Trong trường hợp, doanh nghiệp tiêu hủy hàng hóa do hàng để lâu không bán được, sẽ không được xác định là hàng bị tổn thất, do đó không được hoàn thuế nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào.