Kính chào Luật sư!

Năm 2011 công ty em có nhận chuyển nhượng một nhà trẻ được thành lập theo chương trình xã hội hóa giáo dục, trong đó có cơ sở vật chất là quyền sử dụng đất và tài sản gắn liền trên đất. Theo cục thuế quản lý bên em thì thuế GTGT đầu vào của toàn bộ tài sản này không được khấu trừ vì đầu ra của bên em là dịch vụ giáo dục theo chương trình xã hội hóa không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT. Bên em đã thực hiện kê khai và nộp thuế theo đúng hướng dẫn của Cục thuế.

Nay vì tình hình tài chính khó khăn, công ty chuyển nhượng toàn bộ nhà trẻ này cho một đối tác khác để trả nợ thì Chi cục thuế bắt bên em kê khai và nộp thuế 10% GTGT đầu ra trên doanh thu tính thuế GTGT (= Giá chuyển nhượng - giá thuê đất tại thời điểm chuyển nhượng) theo thông tư 219/2013/TT-BTC. Nhà trẻ này vẫn đang hoạt động bình thường sau khi chuyển nhượng.

Luật sư cho em hỏi, bên thuế làm vậy có đúng không? Tại sao không cho khấu trừ thuế GTGT đầu vào mà bắt phải kê khai nộp thuế GTGT đầu ra!