Khoản 8 Điều 14 của Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành có quy định chi tiết về nội dung này. Cụ thể:

"8. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.

Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế".

Như vậy, Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó.

Lưu ý thêm quy định tại Công văn 414/TCT-KK năm 2018 về khai bổ sung đối với hóa đơn bị bỏ sót do Tổng cục Thuế ban hành:

"- Đối với các hóa đơn đầu vào: thời điểm phát hiện hóa đơn bỏ sót kỳ nào thì kê khai, khấu trừ bổ sung tại kỳ tính thuế phát hiện hóa đơn bỏ sót nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định, kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế".