Doanh nghiệp phần mềm dù là doanh nghiệp sản xuất hay buôn bán phần mềm thì đều không phải chịu thuế GTGT. 

a. Trường hợp doanh nghiệp phần mềm kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ:

Các đối tượng không chịu thuế GTGT được quy định tại điểm 21, Điều 4, Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính:

"21. Chuyển giao công nghệ theo quy định của Luật chuyển giao công nghệ; chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ theo quy định của Luật sở hữu trí tuệ. Trường hợp hợp đồng chuyển giao công nghệ, chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ có kèm theo chuyển giao máy móc, thiết bị thì đối tượng không chịu thuế GTGT tính trên phần giá trị công nghệ, quyền sở hữu trí tuệ chuyển giao, chuyển nhượng; trường hợp không tách riêng được thì thuế GTGT được tính trên cả phần giá trị công nghệ, quyền sở hữu trí tuệ chuyển giao, chuyển nhượng cùng với máy móc, thiết bị.

Phần mềm máy tính bao gồm sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm theo quy định của pháp luật.”.

 Như vậy, đối với doanh nghiệp phần mềm kê khai theo phương pháp khấu trừ sẽ không phải chịu thuế GTGT.

b. Trường hợp doanh nghiệp phần mềm kê khai theo phương pháp trực tiếp:

 Theo khoản 2 điều 13 Thông tư số 219/2013/TT-BTC:

"Trường hợp cơ sở kinh doanh có doanh thu bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và doanh thu hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thì không áp dụng tỷ lệ (%) trên doanh thu đối với doanh thu này.

Ví dụ 57: Công ty TNHH A là doanh nghiệp kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp. Công ty TNHH A có doanh thu phát sinh từ hoạt động bán phần mềm máy tính và dịch vụ tư vấn thành lập doanh nghiệp thì Công ty TNHH A không phải nộp thuế GTGT theo tỷ lệ (%) trên doanh thu từ hoạt động bán phần mềm máy tính (do phần mềm máy tính thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT) và phải kê khai, nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 5% trên doanh thu từ dịch vụ tư vấn thành lập doanh nghiệp".