Có rất nhiều doanh nghiệp băn khoăn bao nhiêu lâu phải thanh tra doanh nghiệp 1 lần? Tuy nhiên hiện tại không có quy định rõ bao lâu thanh tra một lần. Chỉ thị 20/CT-TTg năm 2017 về chấn chỉnh hoạt động thanh tra, kiểm tra đối với doanh nghiệp do Thủ tướng Chính phủ ban hành có nêu:

"Khi xây dựng, phê duyệt kế hoạch thanh tra hàng năm không để xảy ra tình trạng thanh tra, kiểm tra quá 01 lần/năm đối với doanh nghiệp; trường hợp kế hoạch thanh tra trùng lặp, chồng chéo với hoạt động kiểm toán nhà nước thì chủ động phối hợp, trao đổi với Kiểm toán nhà nước, Thanh tra Chính phủ để thống nhất phương án xử lý theo quy định hiện hành, đảm bảo sự kế thừa kết quả thanh tra, kiểm toán, không làm cản trở hoạt động bình thường của doanh nghiệp, cần tiến hành rà soát, điều chỉnh kế hoạch thanh tra đã được phê duyệt theo tinh thần trên."

Quyết định thanh tra ban hành căn cứ theo:

- Kế hoạch thanh tra đã được phê duyệt;

- Theo yêu cầu của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước;

- Khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật;

- Yêu cầu của việc giải quyết hành vi vi phạm pháp luật thuế của người nộp thuế.

- Yêu cầu của việc quyết toán thuế cho các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, cổ phần hóa doanh nghiệp."

Theo đó, khi có yêu cầu giải quyết hành vi vi phạm pháp luật thuế hoặc các căn cứ khác nêu trên thì cơ quan thuế có quyền tiến hành thanh tra, kiểm tra hồ sơ doanh nghiệp nếu còn nằm trong thời hạn lưu trữ hồ sơ của doanh nghiệp.