Đối với phụ cấp chức vụ khi được giao quyền phụ trách được quy định tại  Điểm d1 Khoản 2 Mục II Thông tư 02/2005/TT-BNV quy định:

"d1) Nếu cơ quan, đơn vị chưa có cấp trưởng hoặc có cấp trưởng nhưng cấp trưởng không trực tiếp điều hành (do đi học, ốm đau và các nguyên nhân khác), thì người có quyết định (bằng văn bản) của cơ quan có thẩm quyền giao phụ trách hoặc giao quyền cấp trưởng (chưa phải là quyết định phê chuẩn kết quả bầu cử hoặc quyết định bổ nhiệm chức vụ lãnh đạo) được hưởng mức phụ cấp chức vụ bằng mức phụ cấp chức vụ của cấp trưởng. Khi có quyết định thôi giao phụ trách hoặc thôi giao quyền cấp trưởng thì thôi hưởng phụ cấp chức vụ lãnh đạo của cấp trưởng kể từ ngày quyết định có hiệu lực thi hành."

Tuy nhiên, Thông tư 02/2005/TT-BNV chỉ áp dụng cho các đối tượng sau:
"I. PHẠM VI VÀ ĐỐI TƯỢNG ÁP DỤNG

1. Cán bộ bầu cử trong các cơ quan nhà nước từ Trung ương đến quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh (cấp huyện) thuộc diện xếp lương theo ngạch, bậc công chức hành chính và hưởng phụ cấp chức vụ lãnh đạo.

2. Cán bộ, công chức, viên chức (bao gồm cả các chức danh chuyên môn, nghiệp vụ ngành Toà án, ngành Kiểm sát) được bổ nhiệm giữ chức danh lãnh đạo trong các cơ quan nhà nước từ Trung ương đến cấp huyện và trong các đơn vị sự nghiệp của Nhà nước được cấp có thẩm quyền quyết định thành lập.

3. Cán bộ, công chức, viên chức thuộc biên chế nhà nước và xếp lương theo ngạch, bậc công chức, viên chức được cử đến giữ chức danh lãnh đạo chuyên trách tại các hội và các tổ chức phi Chính phủ."

Đối với cán bộ cấp xã hiện nay áp dụng theo Nghị định 92/2009/NĐ-CP  về chức danh, số lượng, một số chế độ, chính sách đối với cán bộ, công chức ở xã, phường, thị trấn và những người hoạt động không chuyên trách ở cấp xã, tuy nhiện Nghị định này không đề cập đến phụ cấp chức vụ khi được giao quyền phụ trách.

Căn cứ theo các quy định trên, đối với người được giao quyền phụ trách Chủ tịch UBND xã sẽ không được hưởng phụ cấp chức vụ Chủ tịch UBND xã.