Anh/chị cho em hỏi trong trường hợp này nên làm như thế nào.

Công ty em nhập khẩu 01 lô hàng nhưng vì số lượng ít nên khi nhập khẩu theo hàng rời qua 02 tờ khai hải quan ở 02 cửa khẩu hải quan. Vì không rõ nên khi nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu công ty em đã nộp toàn bộ tiền thuế cho 01 cơ quan hải quan, nên ở chi cục hải quan kia không nhận được số tiền thuế này.

Khi phát hiện công ty đã liên hệ với chi cục hải quan để xin điều chỉnh số tiền nộp nhầm tài khoản. Nhưng chi cục hải quan đã tính nộp chậm đối với số tiền này. Số tiền tương đối nhiều.

Anh/chị cho em hỏi trường hợp này công ty nên xử lý như thế nào? Có cách nào để không bị phạt hay không, vì thực tế công ty đã nộp thuế rồi.

Cảm ơn anh/chị nhiều.