Nội dung trên được quy định tại Điều 21 của Nghị định 31/2018/NĐ-CP về hướng dẫn Luật Quản lý ngoại thương về xuất xứ hàng hóa. Theo đó, cơ quan, tổ chức cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa từ chối  cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa bằng văn bản hoặc thông báo tại hệ thống quản lý và cấp chứng nhận xuất xứ điện tử của Bộ Công Thương tại địa chỉ www.ecosys.gov.vn hoặc trang điển tử khác của cơ quan, tổ chức cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa và nêu rõ lý do trong những trường hợp sau:

- Thương nhân đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa chưa thực hiện việc đăng ký hồ sơ thương nhân theo quy định.

- Hồ sơ, quy trình đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa không tuân thủ theo quy định.

- Hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa có mâu thuẫn về nội dung.

- Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa không được khai bằng tiếng anh, khai bằng mực đỏ, viết tay, bị tẩy xóa, chữ hoặc các dữ liệu thông tin mờ không đọc được, in bằng nhiều màu mực khác nhau.

- Hàng hóa không có xuất xứ hoặc không đáp ứng quy tắc xuất xứ.

- Thương nhân cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa có gian lận về xuất xứ từ lần cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa trước đó và vụ việc chưa được giải quyết xong.

- Thương nhân đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa không cung cấp đầy đủ hồ sơ, chứng từ, thông tin và tài liệu liên quan để chứng minh xuất xứ hàng hóa hoặc không hợp tác trong việc xác minh xuất xứ hàng hóa khi cơ quan, tổ chức có thẩm quyền tiến hành kiểm tra, xác minh xuất xứ hàng hóa.

Xem chi tiết và đầy đủ thông tin về xuất xứ hàng hóa tại Nghị định 31/2018/NĐ-CP có hiệu lực thi hành ngày 08/03/2018. Thay thế Nghị định 19/2006/NĐ-CP và các Thông tư hướng dẫn của nghị định này.