Trong thời gian chờ sửa đổi, bổ sung Quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định 905/QĐ-TCT, Tổng cục Thuế đã có hướng dẫn sửa đổi, bổ sung Quy trình hoàn thuế để phù hợp với Luật quản lý thuế sửa đổi 2012, sự hỗ trợ của ứng dụng công nghệ thông tin. Theo đó, có những điểm mới đáng chú ý sau:

1. Thời gian thực hiện các bước công việc

Căn cứ vào khoản 13, 18 điều 11 Luật quản lý thuế sửa đổi 2012, Thủ trưởng cơ quan thuế các cấp quyết định thời gian giải quyết của từng bước công việc, từng bộ phận nêu tại Quy trình hoàn thuế cho phù hợp với đặc thù của cơ quan Thuế nhưng phải đảm bảo đúng thời gian thực hiện theo các quy định, hướng dẫn tại các văn bản pháp luật có liên quan và đúng chức năng, nhiệm vụ của từng bộ phận có liên quan thuộc cơ quan Thuế.

2. Bổ sung nội dung liên quan đến hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng do Chi cục Thuế trực tiếp giải quyết

3. Các nội dung liên quan đến trình Thủ trưởng cơ quan thuế xem xét quyết định để ban hành Quyết định hoàn thuế nêu tại Quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định 905 đều phải lập Tờ trình. Tờ trình Thủ trưởng cơ quan thuế thực hiện theo mẫu quy định hiện hành trong đó phải thể hiện được các nội dung "Đề xuất xử lý" nêu tại Mục VII Phiếu đề xuất hoàn thuế (Mẫu số 06/QTr-HT).

4. Sửa đổi, bổ sung các mẫu biểu báo cáo

(i) Các mẫu biểu trong quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định 905 áp dụng theo Thông tư 28/2011/TT-BTC thì thực hiện theo mẫu biểu mới theo hướng dẫn tại Thông tư 156/2013/TT-BTC và mẫu biểu mới ban hành kèm theo Thông tư  08/2013/TT-BTC và Quyết định số 759/QĐ-BTC.

(ii) Bổ sung mẫu số 11/QTr-HT "Thông báo đề nghị giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (nội bộ)"

(iii) Sửa đổi, tách các mẫu biểu Quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định số 905.

(iv) Sửa đổi danh mục mã lý do hoàn thuế.

Nội dung trên được đề cập tại Công văn 3228/TCT-KK ngày 12/8/2014.