Hiện nay, tại một số khu vực đô thị như thành phố Hồ Chí Minh, Hà Nội, Bình Dương…[1], quy hoạch sử dụng đất và quy hoạch đô thị (chủ yếu là quy hoạch phân khu) có hiện tượng mâu thuẫn, trùng lắp, khiến tình trạng người dân được chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp sang đất ở, đất sản xuất, kinh doanh nhưng lại không được cấp phép xây dựng (vì không phù hợp quy hoạch phân khu) hoặc được cấp phép xây dựng nhưng chỉ cấp phép xây dựng tạm, có thời hạn; hoặc người dân mua đất nhưng lại không được chuyển nhượng quyền sử dụng đất... Từ đó đã góp phần gây ra các khiếu nại, tố cáo về lĩnh vực đất đai, xây dựng cũng như hiện tượng xây dựng không phép tại các khu đô thị lớn.

Khoản 2 Điều 3 Luật Đất đai năm 2013 quy định: 

“Quy hoạch sử dụng đất là việc phân bổ và khoanh vùng đất đai theo không gian sử dụng cho các mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội, quốc phòng, an ninh, bảo vệ môi trường và thích ứng biến đổi khí hậu trên cơ sở tiềm năng đất đai và nhu cầu sử dụng đất của các ngành, lĩnh vực đối với từng vùng kinh tế - xã hội và đơn vị hành chính trong một khoảng thời gian xác định”.

Khoản 4 Điều 3 Luật Quy hoạch đô thị năm 2009 quy định:

“Quy hoạch đô thị là việc tổ chức không gian, kiến trúc, cảnh quan đô thị, hệ thống công trình hạ tầng kỹ thuật, công trình hạ tầng xã hội và nhà ở để tạo lập môi trường sống thích hợp cho người dân sống trong đô thị, được thể hiện thông qua đồ án quy hoạch đô thị”.

Về nguyên tắc, quy hoạch sử dụng đất và quy hoạch xây dựng phải có sự thống nhất cả về không gian và thời gian, phù hợp với nhau và hỗ trợ lẫn nhau trong việc thực hiện chức năng của mỗi loại quy hoạch[2]. Tuy nhiên, công tác lập quy hoạch sử dụng đất và quy hoạch xây dựng lại có những điểm khác biệt gây khó khăn cho cả người dân và cơ quan quản lý nhà nước. Cụ thể:
- Về thời kỳ (thời hạn) quy hoạch[3]: Giữa quy hoạch sử dụng đất và quy hoạch xây dựng có thời kỳ quy hoạch là không thống nhất. Nếu quy hoạch sử dụng đất có thời gian quy hoạch là 10 năm, kỳ kế hoạch 5 năm thì quy hoạch xây dựng có thời hạn ngắn hạn là 5 năm, 10 năm; dài hạn là 20 năm và dài hơn.
- Về không gian và các loại hình, các cấp quy hoạch: Việc lập quy hoạch sử dụng đất được thực hiện theo đơn vị lãnh thổ hành chính, ngược lại, quy hoạch đô thị lại không hoàn toàn căn cứ theo đơn vị hành chính, khoản 1 Điều 18 Luật Quy hoạch đô thị năm 2009 liệt kê các loại quy hoạch, trong đó, quy hoạch phân khu và quy hoạch chi tiết về cơ bản không căn cứ vào đơn vị hành chính.
- Về công tác thẩm định giữa hai loại quy hoạch trên còn thể hiện ở quy trình quyết định đối với mỗi loại quy hoạch:
Đối với quy hoạch sử dụng đất các cấp tỉnh, huyện, xã; cơ quan tài nguyên môi trường phải trình cơ quan tài nguyên môi trường cấp trên thẩm định nội dung và chỉnh sửa theo yêu cầu thẩm định. Sau khi hoàn thiện, thì cơ quan tài nguyên môi trường cấp nào trình Hội đồng nhân dân cấp lập quy hoạch thông qua trước khi trình cơ quan có thẩm quyền xét duyệt.
Đối với quy hoạch xây dựng[4]:
+ Bộ Xây dựng có trách nhiệm lập nhiệm vụ quy hoạch, tổ chức lập, thẩm định quy hoạch xây dựng vùng trọng điểm, vùng liên tỉnh trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt; lập nhiệm vụ, tổ chức lập quy hoạch chung xây dựng, các đô thị mới liên tỉnh, các khu công nghệ cao, các khu kinh tế đặc thù trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt sau khi có ý kiến của các Bộ, ngành, Ủy ban nhân dân các tỉnh có liên quan. 
+ Ủy ban nhân dân cấp tỉnh lập nhiệm vụ và phê duyệt quy hoạch xây dựng vùng thuộc địa giới hành chính do mình quản lý sau khi được Hội đồng nhân dân tỉnh quyết định; lập nhiệm vụ và tổ chức lập quy hoạch chung đô thị loại đặc biệt, loại I, loại II trong phạm vi tỉnh trình Hội đồng nhân dân tỉnh thông qua, Bộ Xây dựng thẩm định và trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt. Đối với đô thị loại III, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh lập nhiệm vụ và tổ chức lập quy hoạch chung xây dựng trình Hội đồng nhân dân cùng cấp quyết định; phê duyệt quy hoạch chi tiết xây dựng đô thị loại đặc biệt, loại I, loại II và loại III. 
+ Ủy ban nhân dân cấp huyện có trách nhiệm lập nhiệm vụ, tổ chức lập quy hoạch chung xây dựng các đô thị loại IV, loại V thuộc địa giới hành chính do mình quản lý trình Hội đồng nhân dân cấp huyện thông qua và trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt; phê duyệt quy hoạch chi tiết xây dựng đô thị loại IV và loại V. 
+ Ủy ban nhân dân cấp xã lập nhiệm vụ và tổ chức lập quy hoạch xây dựng các điểm dân cư nông thôn thuộc địa giới hành chính do mình quản lý, trình Hội đồng nhân dân cấp xã thông qua và trình Ủy ban nhân dân cấp huyện phê duyệt. 
Riêng các quy hoạch do Trung ương phê duyệt được quy định Chính phủ phê duyệt (quy hoạch sử dụng đất); Thủ tướng Chính phủ phê duyệt (quy hoạch chung xây dựng) và Bộ Xây dựng phê duyệt (quy hoạch chi tiết khu vực liên tỉnh). Đối với quy hoạch xây dựng, việc phân cấp thẩm quyền phê duyệt các loại quy hoạch không theo cấp hành chính lập quy hoạch mà theo loại hình quy hoạch và cấp loại đô thị.
- Về cách phân loại đất:
Quy hoạch sử dụng đất áp dụng hệ thống phân loại đất theo quy định của pháp luật đất đai hiện hành, gồm các nhóm đất chính: Nhóm đất nông nghiệp, nhóm đất phi nông nghiệp và nhóm đất chư­a sử dụng (Điều 10 Luật Đất Đai năm 2013). Quy hoạch xây dựng áp dụng hệ thống phân loại đất gồm các loại: Đất dân dụng, đất ngoài dân dụng, đất khác. Mỗi loại đất cũng được phân thành các loại khác nhau.
Như vậy, tiêu chí phân loại đất của hai hệ thống rất khác nhau. Phân loại đất trong quy hoạch sử dụng đất được thực hiện theo mục đích sử dụng; còn trong quy hoạch xây dựng được thực hiện vừa theo mục đích sử dụng (theo quy hoạch), vừa theo khu vực chức năng trong quy hoạch nên dẫn đến tình trạng vừa thiếu tên loại đất để biểu thị hiện trạng sử dụng, vừa có sự trùng lặp (chẳng hạn như đất giao thông đô thị thuộc đất dân dụng và đất giao thông đối ngoại thuộc đất ngoài dân dụng). Do đó, cũng tạo ra sự khó khăn trong việc so sánh các chỉ tiêu về diện tích các loại đất giữa quy hoạch sử dụng đất và quy hoạch xây dựng.
- Về quản lý, thực hiện quy hoạch: Đối với quy hoạch sử dụng đất thì cơ chế giám sát và kiểm tra, tổ chức thực hiện được quy định thống nhất chung cho các cấp quy hoạch bởi các văn bản quy phạm pháp luật; còn đối với quy hoạch xây dựng, cơ chế giám sát và kiểm tra, tổ chức thực hiện chủ yếu được người phê duyệt quy định cụ thể cho từng đồ án quy hoạch mà chưa được quy định chung trong văn bản quy phạm pháp luật.

[1] Báo cáo kết quả giám sát công tác cải cách thủ tục hành chính về đất đai và xây dựng của Hội đồng nhân dân tỉnh Bình Dương năm 2017 nhận định: “Thực tế hiện nay nảy sinh bất cập là: Do quy hoạch sử dụng đất và quy hoạch phân khu chức năng trên địa bàn tỉnh vẫn chưa hoàn chỉnh, còn chồng chéo, mâu thuẫn”.