Với mục đích tạo sự chuyển biến mạnh mẻ trong cơ chế hoạt động, cơ chế tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập, chuyển dần sang hình thức đặt hàng , giao nhiệm vụ cung cấp dịch vụ công thay vì giao dự toán trước đây, gắn liền với lợi ích mà đơn vị đã năng động tạo nên bằng nhiều hình thức cung ứng các dịch vụ khác nhau, khuyến khích các đơn vị chủ động tăng thu, giảm dần việc thụ động phụ thuộc vào ngân sách nhà nước.

     Trên quan điểm đó, Nghị định 16/2015/NĐ-CP ngày 14/2/2015 quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập được cô đọng trong 3 Chương, 24 Điều (Nghị định số 43/2006/NĐ-CP có 5 Chương, 35 Điều), đi sâu vào việc phân loại đơn vị sự nghiệp trên nguyên tắc các đơn vị tự đảm bảo kinh phí hoạt động càng nhiều thì mức độ tự chủ càng cao, cụ thể:

     - Các đơn vị sự nghiệp được chia thành 4 loại: (1) đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư, (2) đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên, (3) đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm một phần chi thường xuyên, (4) đơn vị sự nghiệp công do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên.

     So với Nghị định 43/2006/NĐ-CP, thì quy định mới bổ sung thêm loại hình đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư. Mỗi loại hình đơn vị sự nghiệp được quy định rõ: nguồn tài chính của đơn vị; sử dụng nguồn tài chính; phân phối kết quả tài chính trong năm.

     - Theo quy định mới, loại hình đơn vị sự nghiệp công tự đảm bảo chi thường xuyên bị khống chế không quá 3 lần quỹ tiền lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp lương do nhà nước quy định; đơn vị tự đảm bảo một phần chi thường xuyên bị khống chế không quá 2 lần, đơn vị do nhà nước bảo đảm chi thường xuyên bị khống chế không quá 1 lần. Chỉ có đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư, được tự quyết định mức trích quỹ bổ sung thu nhập mà không bị không chế mức trích Quỹ bổ sung thu nhập như các loại hình đơn vị sự nghiệp khác.

     - Căn cứ Luật Giá ngày 20/6/2012 có hiệu lực từ 01/01/2013, Nghị định mới có quy định cụ thể về giá, phí dịch vụ công, trong đó, quy định rõ về cách xác định giá dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước và giá dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước và có đưa ra lộ trình từng giai đoạn từ năm 2016 đến năm 2020 mức giá tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp, chi phí quản lý và chi phí khấu hao tài sản cố định.

     - Đơn vị sự nghiệp công tự đảm bảo chi thường xuyên và chi đầu tư được vận dụng cơ chế tài chính như doanh nghiệp (Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ) khi đáp ứng đủ điều kiện cụ thể theo quy định. Với việc vận dụng cơ chế tài chính như doanh nghiệp, đơn vị: được xác định vốn điều lệ và bảo toàn vốn; được vay vốn, huy động vốn, đầu tư vốn ra ngoài đơn vị; quản lý, sử dụng, trích khấu hao tài sản cố định áp dụng cho doanh nghiệp; quản lý thu, chi phí và phân phối lợi nhuận; thực hiện chế độ kế toán, thống kê áp dụng như doanh nghiệp.

     Nghị định số 16/2015/NĐ-CP có hiệu lực thi hành từ ngày 06 tháng 4 năm 2015 và thay thế Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25 tháng 4 năm 2006 của Chính phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập.