Theo quy định Nghị định 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật thuế TNDN quy định:

“Điều 11. Phương pháp tính thuế

1. Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ tính thuế bằng thu nhập tính thuế nhân (x) với thuế suất; trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế thu nhập đối với thu nhập phát sinh ở nước ngoài thì được trừ số thuế thu nhập đã nộp, nhưng tối đa không quá số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp.
…
5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:

a) Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%. Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật áp dụng mức thuế quy định tại Điểm c Khoản này;

b) Đối với kinh doanh hàng hóa là 1%;

c) Đối với hoạt động khác là 2%."

Theo đó, đối với đơn vị sự nghiệp giáo dục thì thuế suất thuế TNDN là 2%.

Tham khảo chi tiết tại Công văn 7686/BTC-CST năm 2017 về chính sách thuế đối với đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế, giáo dục và đào tạo do Bộ Tài chính ban hành để có thêm thông tin