Căn cứ Khoản 2 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC (được sửa đổi Thông tư 26/2015/TT-BTC) quy định:

"Điều 4. Đối tượng không chịu thuế GTGT

...

2. Sản phẩm là giống vật nuôi, giống cây trồng, bao gồm trứng giống, con giống, cây giống, hạt giống, cành giống, củ giống, tinh dịch, phôi, vật liệu di truyền ở các khâu nuôi trồng, nhập khẩu và kinh doanh thương mại. Sản phẩm giống vật nuôi, giống cây trồng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT là sản phẩm do các cơ sở nhập khẩu, kinh doanh thương mại có giấy đăng ký kinh doanh giống vật nuôi, giống cây trồng do cơ quan quản lý nhà nước cấp. Đối với sản phẩm là giống vật nuôi, giống cây trồng thuộc loại Nhà nước ban hành tiêu chuẩn, chất lượng phải đáp ứng các điều kiện do nhà nước quy định.

..."

Nếu thuộc trường hợp nêu trên sẽ không chịu thuế GTGT. Có thể tham khảo thêm Công văn 9720/CT-TTHT năm 2017 về chính sách thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh giống cây trồng do Cục Thuế thành phố Hà Nội ban hành để có thêm thông tin:

"Căn cứ quy định trên:

- Trường hợp Công ty sản xuất, kinh doanh giống cây trồng thì hoạt động bán giống cây trồng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

- Trường hợp Công ty là đơn vị nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có mua các sản phẩm như cây cảnh, cây giống, cây bóng mát, chậu cây cảnh kèm theo (hoặc mang về ươm trồng một thời gian sau xuất bán) thì:

+ Khi xuất bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

+ Xuất bán cho hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo mức thuế suất (5%)

- Trường hợp Công ty thực hiện các dịch vụ chăm sóc cây xanh, sử dụng kỹ thuật chăm sóc, cắt tỉa, uốn thế thuộc đối tượng chịu thuế GTGT với thuế suất thuế GTGT là 10%."