Việc xử lý đối với trường hợp làm mất hóa đơn mua bán hàng hóa phải xem xét là bên nào làm mất hóa đơn: đơn vị vận chuyển, người mua hàng hóa hay là người bán để xác định trách nhiệm cũng như việc xử lý thế nào.

- Nếu là đơn vị vận chuyển (bên vận chuyển làm mất hóa đơn): khi bên bán giao hóa đơn cho bên vận chuyển để giao cho bên mua đi kèm theo hàng hóa nhưng bên vận chuyển làm mất hóa đơn thì bên bán phải thông báo với cơ quan thuế về việc mất hóa đơn và bị xử phạt hành chính theo quy định tại Thông tư 176/2016/TT-BTC. Trách nhiệm của bên vận chuyển như thế nào thì căn cứ theo hợp đồng giữa bên vận chuyển với bên bán (bên thuê vận chuyển) nếu còn trong thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính.

- Nếu là người mua (bên mua làm mất hóa đơn): khi làm mất hóa đơn thì bên mua phải thông báo với cơ quan thuế về việc mất hóa đơn trong thời hạn 05 ngày kể từ ngày xảy ra việc mất hóa đơn theo mẫu số 3.8 Phụ lục 3 ban hành kèm theo Thông tư 39/2014/TT-BTC, bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định tại điều 39 Nghị định 109/2013/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 6 Điều 3 Nghị định 49/2016/NĐ-CP.

Bên mua và bên bán thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 2 Điều 24 Thông tư 39/2014/TT-BTC. Cụ thể: người bán và người mua lập biên bản ghi nhận sự việc, trong biên bản ghi rõ liên 1 của hóa đơn người bán hàng khai, nộp thuế trong tháng nào, ký và ghi rõ họ tên của người đại diện theo pháp luật (hoặc người được ủy quyền), đóng dấu (nếu có) trên biên bản và người bán sao chụp liên 1 của hóa đơn, ký xác nhận của người đại diện theo pháp luật và đóng dấu trên bản sao hóa đơn để giao cho người mua. Người mua được sử dụng hóa đơn bản sao có ký xác nhận, đóng dấu (nếu có) của người bán kèm theo biên bản về việc mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn để làm chứng từ kế toán và kê khai thuế.