Theo tôi biết thì trong hợp đồng lao động ghi rõ các khoản phụ cấp thì sẽ tốt hơn, trước hết là để được xác định là chi phí hợp lý khi tính thuế TNDN.
Còn vấn đề phụ cấp cao quá mà không được cấp thẻ BHXH thì tôi không thấy văn bản nào nói đến điều này. Trước đây, khi làm ở Liên danh nước ngoài, phụ cấp của tôi tầm 100 USD (Quy đổi ra VNĐ thì hơn 1,6 triệu), bao gồm nhiều khoản như PC trách nhiệm, PC ăn trưa, PC công trường, PC đi lại, ... đều được ghi rõ trong HĐ lao động kèm theo mức lương căn bản cũng không gặp vấn đề trở ngại như bạn nói (Nơi tôi làm việc có rất nhiều người có phụ cấp cao hơn mức 100 USD nhiều).
