Căn cứ khoản 2.6 Phụ lục 4 Thông tư 39/2014/TT-BTC:

"...

2.6. Tổ chức kinh doanh kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ xuất điều chuyển hàng hóa cho các cơ sở hạch toán phụ thuộc như các chi nhánh, cửa hàng ở khác địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) để bán hoặc xuất điều chuyển giữa các chi nhánh, đơn vị phụ thuộc với nhau; xuất hàng hóa cho cơ sở nhận làm đại lý bán đúng giá, hưởng hoa hồng, căn cứ vào phương thức tổ chức kinh doanh và hạch toán kế toán, cơ sở có thể lựa chọn một trong hai cách sử dụng hóa đơn, chứng từ như sau:

a) Sử dụng hóa đơn GTGT để làm căn cứ thanh toán và kê khai nộp thuế GTGT ở từng đơn vị và từng khâu độc lập với nhau;

b) Sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm theo Lệnh điều động nội bộ; Sử dụng Phiếu xuất kho hàng gửi bán đại lý theo quy định đối với hàng hóa xuất cho cơ sở làm đại lý kèm theo Lệnh điều động nội bộ."

=> Như vậy nếu xét trên quy định thì ở đây việc áp dụng điểm 2.6 trên chỉ áp dụng xuất hàng hóa giữa trụ sở (công ty) với các đơn vị phụ thuộc (chi nhánh) khác địa phương hoặc xuất điều chuyển giữa các chi nhánh đơn vị phụ thuộc với nhau.

Còn việc xuất điều chuyển giữa trụ sở với đơn vị phụ thuộc cùng địa phương; quy định không nêu rõ. Trường hợp này theo quan điểm của TVPL, việc xuất điều chuyển sẽ sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm theo lệnh điều động nội bộ chứ không xuất hóa đơn. Nhằm đảm bảo chính xác nhất, bên mình nên liên hệ cơ quan thuế để được hướng dẫn ạ. 

Một số công văn có liên quan quy định hướng dẫn về vấn đề này:

- Công văn 8058/CT-TTHT về hóa đơn chứng từ do Cục thuế thành phố Hồ Chí Minh ban hành: 

=> Công văn hướng dẫn lập phiếu xuất kho. 

- Công văn 9235/CT-TTHT năm 2019 về chính sách giá hàng hóa xuất điều chuyển do Cục thuế thành phố Hà Nội ban hành

=> Công văn cho phép thực hiện cả 02 cách.