Theo quy định tại Khoản 4 và Khoản 6 Điều 1 Thông tư 176/2016/TT-BTC về hình thức xử lý và mức phạt trong trường hợp làm mất các hóa đơn như sau:

Làm mất hoá đơn đã phát hành nhưng chưa lập hoặc hoá đơn đã lập (liên giao cho khách hàng) nhưng khách hàng chưa nhận được hoá đơn khi hoá đơn chưa đến thời gian lưu trữ hoặc hóa đơn đã lập theo bảng kê bán lẻ hàng hóa, dịch vụ; trừ trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn do thiên tai, hỏa hoạn hoặc do sự kiện bất ngờ, sự kiện bất khả kháng khác thì không bị xử phạt tiền.

- Trường hợp mất hóa đơn đã lập (liên giao cho khách hàng), người bán và người mua lập biên bản ghi nhận sự việc, người bán đã kê khai, nộp thuế, có hợp đồng, chứng từ chứng minh việc mua bán hàng hóa, dịch vụ và có một tình tiết giảm nhẹ thì xử phạt ở mức tối thiểu của khung tiền phạt; nếu có từ hai tình tiết giảm nhẹ thì xử phạt cảnh cáo.

- Trường hợp mất hoá đơn, trừ liên giao cho khách hàng, trong thời gian lưu trữ thì xử phạt theo pháp luật về kế toán.

- Trường hợp người bán tìm lại được hoá đơn đã mất (liên giao cho khách hàng) khi cơ quan thuế chưa ban hành quyết định xử phạt thì người bán không bị phạt tiền.

- Trường hợp người bán làm mất các liên hoá đơn đã lập sai và đã xoá bỏ (người bán đã lập hoá đơn khác thay thế cho các hoá đơn đã lập sai và đã xoá bỏ) thì người bán bị phạt cảnh cáo.

- Trường hợp trong cùng một thời điểm, tổ chức, cá nhân thông báo mất nhiều số hoá đơn cho cơ quan thuế nhưng cơ quan thuế đủ căn cứ xác định tổ chức, cá nhân gộp nhiều lần mất hoá đơn để báo cáo cơ quan thuế thì xử phạt theo từng lần mất hoá đơn.

- Trường hợp mất hoá đơn đã lập (liên giao cho khách hàng) có liên quan đến bên thứ ba, bên thứ ba do người bán thuê thì xử phạt người bán theo quy định tại điểm này.

Đối với hình thức phạt tiền: Phạt tiền từ 4.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với hành vi làm mất hoá đơn đã lập (liên giao cho khách hàng) để hạch toán kế toán, kê khai thuế và thanh toán vốn ngân sách; trừ trường hợp mất hóa đơn do thiên tai, hỏa hoạn hoặc do sự kiện bất ngờ, sự kiện bất khả kháng khác thì không bị xử phạt tiền.

- Trường hợp mất hóa đơn đã lập (liên giao cho khách hàng), người bán và người mua lập biên bản ghi nhận sự việc, người bán đã kê khai, nộp thuế, có hợp đồng, chứng từ chứng minh việc mua bán hàng hóa, dịch vụ và có một tình tiết giảm nhẹ thì xử phạt ở mức tối thiểu của khung tiền phạt; nếu có từ hai tình tiết giảm nhẹ thì xử phạt cảnh cáo.

- Trường hợp người mua tìm lại được hoá đơn đã mất và báo cáo lại với cơ quan thuế trước khi cơ quan thuế ban hành quyết định xử phạt thì người mua không bị phạt tiền.

- Trường hợp trong cùng một thời điểm, tổ chức, cá nhân thông báo mất nhiều số hoá đơn cho cơ quan thuế nhưng cơ quan thuế đủ căn cứ xác định tổ chức, cá nhân gộp nhiều lần mất hoá đơn để báo cáo cơ quan thuế thì xử phạt theo từng lần mất hoá đơn.

- Trường hợp mất hoá đơn đã lập (liên giao cho khách hàng) có liên quan đến bên thứ ba, bên thứ ba do người mua thuê thì xử phạt người mua theo quy định tại khoản này.

- Trường hợp mất hoá đơn đã lập (liên giao cho khách hàng) trong thời gian lưu trữ thì xử phạt theo pháp luật về kế toán.

Như vậy, tùy thuộc vào trường hợp làm mất hóa đơn liên quan đến công việc cụ thể nào thì sẽ có mức phạt cụ thể tương ứng, mức phạt tiền đối với trường hợp không có tình tiết giảm nhẹ thì sẽ phạt tiền từ 4.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng.