Khoản 15 Điều 14 của Thông tư 219/2013/TT-BTC có quy định:

"15. Cơ sở kinh doanh không được tính khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp:

- Hóa đơn GTGT sử dụng không đúng quy định của pháp luật như: hóa đơn GTGT không ghi thuế GTGT (trừ trường hợp đặc thù được dùng hóa đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT);

- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán nên không xác định được người bán;

- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người mua nên không xác định được người mua (trừ trường hợp hướng dẫn tại khoản 12 Điều này);

- Hóa đơn, chứng từ nộp thuế GTGT giả, hóa đơn bị tẩy xóa, hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo);

- Hóa đơn ghi giá trị không đúng giá trị thực tế của hàng hóa, dịch vụ mua, bán hoặc trao đổi".

Mặt khác khoản Khoản 10 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC có quy định:

“Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

2. Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp giá trị hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng, hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT và trường hợp cơ sở kinh doanh nhập khẩu hàng hóa là quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân ở nước ngoài.

Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt gồm chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khác hướng dẫn tại khoản 3 và khoản 4 Điều này".

Theo hướng dẫn trên, trường hợp công ty xuất hóa đơn kinh doanh không đúng ngành nghề trên giấy ĐKKD, nếu ngành nghề đó không thuộc ngành nghề kinh doanh có điều kiện, hoặc bị cấm kinh doanh thì:

Doanh nghiệp được xuất hóa đơn ghi nhận doanh thu

Được kê khai khấu trừ thuế đầu vào

Công ty bổ sung ngành nghề, nếu còn tiếp tục kinh doanh mặt hàng chưa có trong giấy ĐKKD

Ngoài ra, có thể tham khảo thêm Công văn 1387/TCT-KK năm 2015 về kê khai nộp thuế giá trị gia tăng do Tổng cục Thuế ban hành