Tổ chức tín dụng (TCTD) có tầm ảnh hưởng lớn nên nền kinh tế và tiền tệ quốc gia, bởi vậy nó chịu sự điều chỉnh gay gắt hơn những doanh nghiệp thông thường. Những hoạt động kinh doanh, tình hình tài chính của một tổ chức tín dụng luôn có sự theo dõi và can thiệp của cơ quan chức năng. Điển hình là tình trạng TCTD phải chịu sự kiểm soát đặc biệt. Kiểm soát đặc biệt là việc một tổ chức tín dụng bị đặt dưới sự kiểm soát trực tiếp của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam do có nguy cơ mất khả năng chi trả, mất khả năng thanh toán. Luật các tổ chức tín dụng 2010 quy định cụ thể vấn đề này. Kiểm soát đặc biệt được thực hiện qua 2 hình thức: Giám sát đặc biệt và kiểm soát toàn diện .

Thống đốc Ngân hàng Nhà nước là người có thẩm quyền quyết định việc đặt tổ chức tín dụng vào tình trạng kiểm soát đặc biệt;  thời hạn, gia hạn thời hạn, chấm dứt kiểm soát đặc biệt và nội dung giám sát đặc biệt, nội dung kiểm soát toàn diện và quyết định thành lập Ban kiểm soát đặc biệt…  dựa trên kết quả thanh tra, giám sát của các cơ quan giám sát, điều tra có thẩm quyền. Một tổ chức tín dụng khi nhận thấy tình hình tài chính có nguy cơ cần phải thực hiện kiểm soát đặc biệt ( mất khả năng thanh toán) thì phải báo cho Thống đốc ngân hàng hoặc Thanh tra để ra quyết định.  Qúa trình xử lý một TCTD bị đặt vào tình trạng kiểm soát đặc biệt như sau:

Bước 1: Phát hiện TCTD mất khả năng chi trả và xem xét đặt vào kiểm soát đặc biệt

Bước 2: Ra quyết định đặt TCTD vào tình trạng kiểm soát đặc biệt

Bước 3: Ban Kiểm soát đặc biệt (BKSĐB) chỉ đạo TCTD thuê hoặc trực tiếp thuê tổ chức kiểm toán độc lập đánh giá thực trạng tổng thể của TCTD được kiểm soát đặc biệt.

Bước 4: Lựa chọn phương án xử lý TCTD theo quyết định của Ngân hàng nhà nước. 

Bước 5A:  Ban Kiểm soát đặc biệt chỉ đạo các TCTD được đặt vào kiểm soát đặc biệt xây dựng phương án củng cố phục hồi (bao gồm cả phương án tăng vốn, thời hạn thực hiện phương án tăng vốn nếu có) hoặc xây dựng phương án xử lý pháp nhân theo các biện pháp tự nguyện (sáp nhập, hợp nhất, bán, giải thể)

Bước 6: NHNN thông qua phương án trên theo đề nghị của Ban Kiểm soát đặc biệt

Bước 7: Thực hiện phương án trên. Nếu không thực hiện được sẽ chuyển sang các bước tiếp theo.

Bước 8: NHNN trình cấp có thẩm quyền quyết định việc NHNN trực tiếp mua bắt buộc hoặc phá sản đối với TCTD được kiểm soát đặc biệt trong các trường hợp sau: (i) TCTD không có khả năng hoặc không thực hiện việc tăng vốn theo phương án 5A; (ii) Không thực hiện được 5A, 5B trong thời hạn quy định; (iii) Việc mua lại chỉ thực hiện với điều kiện: ảnh hưởng an toàn hệ thống; đánh giá có khả năng phục hồi khi được áp dụng các biện pháp hỗ trợ của NHNN.

Bước 9: Thực hiện phương án mua bắt buộc bao gồm các quy định về: Hình thức mua; Nguồn tài chính để mua; Phương thức, quy trình mua; Giá mua; Các biện pháp quản lý, xử lý, hỗ trợ phục hồi TCTD trong giai đoạn NHNN mua TCTD; Phương thức xử lý sau khi phục hồi (thoái vốn, chuyển nhượng, bán ....) hoặc Thực hiện phương án phá sản.