Công ty của em có hoạt động xuất bán nội địa và bán vào khu chế xuất. Vừa rồi, Công ty của em có ký hợp đồng xử lý chất thải cho DN trong khu chế xuất và đã hoàn thành, xuất hóa đơn GTGT với thuế xuất 0%. Nhưng DN đó thành toán một phần tiền mặt và một phần chuyển khoản trên hóa đơn GTGT mà bên em đã xuất. Theo em biết, thì phần thanh toán bằng tiền mặt sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào tương ứng, nhưng kế toán củ trước đây không tính giá vốn cho hoạt động xử lý rác thải, mà chỉ gộp chung chi phí phục vụ cho cả ba hoạt động ( Xử lý rác thải, vận chuyển và bán phế liệu) nên em không tính được phần thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tương ứng với phần thu tiền mặt do DN chế xuất thanh toán.