Theo điều 5 Nghị định 139/2016/NĐ-CP về lệ phí môn bài,  Khai lệ phí môn bài đối với các đối tượng theo điều 2 Nghị định này được thực hiện như sau:  Khai lệ phí môn bài một lần khi người nộp lệ phí mới ra hoạt động kinh doanh, chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng bắt đầu hoạt động sản xuất kinh doanh;

Đối với trường hợp người nộp lệ phí mới thành lập cơ sở kinh doanh nhưng chưa hoạt động sản xuất kinh doanh thì phải khai lệ phí môn bài trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc ngày cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và đăng ký thuế.

Thời hạn nộp lệ phí môn bài chậm nhất là ngày 30 tháng 01 hàng năm . Trường hợp người nộp lệ phí mới ra hoạt động sản xuất kinh doanh hoặc mới thành lập cơ sở sản xuất kinh doanh thì thời hạn nộp lệ phí môn bài chậm nhất là ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai lệ phí. 

Pháp luật có quy định để hạn chế tình trạng nhiều doanh nghiệp " ma" đăng ký kinh doanh nhưng không hoạt động, chỉ để đó vì những mục đích không hợp pháp. 

Về mức thu lệ phí môn bài, xác định dựa và vốn và quy mô của tổ chức kinh doanh. Cụ thể, vốn từ 10 tỷ trở lên phải nộp 3tr/năm, dưới 10 tỷ nộp 2tr/năm. Đối với các chi nhánh , văn phòng đại diện thì nộp 1tr/năm, cá nhân, hộ gia đình nộp từ 300 nghìn đến 1 tr đồng dựa vào doanh thu hằng năm ( theo điều 4 Nghị định)