Tại Điều 16 Thông tư 83/2015/TT-BTC quy định về nghĩa vụ tài chính của hợp tác xã như sau: “Hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã thực hiện đầy đủ các quy định pháp luật về thuế. Hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã theo dõi số phải nộp, số đã nộp, số còn phải nộp chi tiết từng khoản thuế và các nghĩa vụ tài chính với Nhà nước."

Thứ nhất, quy định về thuế GTGT:

Tại Khoản 1 Điều 3 Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định về người nộp thuế cụ thể như sau:

“Điều 3. Người nộp thuế

Người nộp thuế GTGT là tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT ở Việt Nam, không phân biệt ngành nghề, hình thức, tổ chức kinh doanh (sau đây gọi là cơ sở kinh doanh) và tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng hóa, mua dịch vụ từ nước ngoài chịu thuế GTGT (sau đây gọi là người nhập khẩu) bao gồm:

1. Các tổ chức kinh doanh được thành lập và đăng ký kinh doanh theo Luật Doanh nghiệp, Luật Doanh nghiệp Nhà nước (nay là Luật Doanh nghiệp), Luật Hợp tác xã và pháp luật kinh doanh chuyên ngành khác;[...]”

Như vậy, hợp tác xã được thành lập theo quy định của Luật hợp tác xã thì thuộc đối tượng phải nộp thuế GTGT theo quy định.

Ngoài ra, hợp tác xã còn phải nộp các loại thuế khác theo quy định như: thuế thu nhập doanh nghiệp, lệ phí môn bài, thuế thu nhập cá nhân.

Thứ hai, về phương pháp tính thuế:

Tại điểm c Khoản 3 và điểm b Khoản 4 Điều 12 Thông tư 219/2013/TT- BTC hướng dẫn như sau:

“3. Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, bao gồm:

[...]

c) Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm tài sản cố định, máy móc, thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đông trở lên ghi trên hoá đơn mua tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả hoá đơn mua tài sản cố định, máy móc, thiết bị trước khi thành lập (không bao gồm ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống của cơ sở kinh doanh không hoạt động vận tải, du lịch, khách sạn);

[...]

4. Các trường hợp khác:

[...]

b) Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập khác không thuộc các trường hợp hướng dẫn tại khoản 3 Điêu này thì áp dụng phương pháp tính trực tiếp theo hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư này.[...]”

Căn cứ Khoản 2 Điều 13 Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn về thuế GTGT hướng dẫn áp dụng phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu;

Bên cạnh đó, theo Công văn 5485/BTC-TCT năm 2014 hướng dẫn như sau: hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư không thuộc đối tượng được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt mà mức đầu tư từ 1 tỷ đồng trở lên thì thuộc đối tượng đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

Khi gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp cùng với hồ sơ đăng ký thuế, doanh nghiệp, hợp tác xã đồng thời gửi đến cơ quan thuế phương án đầu tư được người có thẩm quyền ra quyết định đầu tư phê duyệt (bản photocopy có đóng dấu sao y bản chính) cùng với văn bản cam kết đầu tư, mua sắm tài sản cố định máy móc, thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên trong thời gian 12 tháng. Trong thời gian 12 tháng, nếu doanh nghiệp, hợp tác xã chưa đủ điều kiện chứng minh giá trị tài sản đầu tư, mua sắm đạt mức 1 tỷ đồng hoặc trên 1 tỷ, doanh nghiệp, hợp tác xã không được phát hành hóa đơn.

Như vậy, có thể căn cứ theo hình thức kinh doanh, hoạt động của hợp tác xã để đăng ký phương pháp tính thuế trực tiếp hoặc khấu trừ cho phù hợp.