Kính chào Luật sư!

Tôi có một việc rất mong Luật sư giải đáp dùm tôi như sau:

Công ty tôi là công ty TNHH một thành viên 100% vốn Nhà nước trực thuộc UBND tỉnh, hiện nay công ty tôi đang tiến hành cổ phần hoá nhưng năm 2006 sắp xếp lai công ty và đã giải quyết chế độ dôi dư theo Nghị đinh 41/2002/NĐ-CP nên bây giờ không được giải quyết chế độ dôi dư theo Nghị định 91/2010/NĐ-CP nữa. Hiện nay có 40 lao động công ty có nhu cầu  xin nghỉ việc do sức khoẻ yếu, mặc dù công ty vẫn bố trí được công việc cho họ nhưng người lao động có đơn tự nguyện xin thôi việc. Đúng theo quy định của bộ luật lao động thì công ty giải quyết chế độ trợ cấp thôi việc theo điều 48 Bộ Luật lao động năm 2012 là mỗi năm là ½ tháng lương với mức trợ cấp là 2,6 tỷ đồng, nhưng công ty lai tính trả trợ cấp mất việc làm không đúng quy định cho người lao động theo điều 49 của Bộ luật lao động là mỗi năm làm việc được hưởng 1 tháng tiền lương với mức trợ cấp là 1 tháng tiền lương với số tiền là 5,2 tỷ đồng, toàn bộ số tiền chi trả cho người lao động là tiền thu được từ tiền bán cổ phần

Xin hỏi Luật sư việc công ty tính trợ cấp sai quy định cho người lao động như vậy có vi phạm pháp luật không? nếu bị thanh kiểm tra thì người đúng đầu phải chịu trách nhiệm như thế nào? có phải truy thu lại số tiền đã chi trả sai cho người lao động không?

Xin cám ơn Luật sư!