Công ty tôi là Công ty TNHH MTV 100% vốn nhà nước. Công ty được giao quản lý dự án, trong dự án có 1 gói thầu tự thực hiện, Công ty giao cho Chi nhánh là đơn vị hạch toán phụ thuộc (có con dấu, tài khoản, mã số thuế riêng) thực hiện gói thầu trên, Chi nhánh có đầy đủ điều kiện theo các quy định hiện hành để thi công gói thầu. Đơn giá thi công được giao cho Chi nhánh thực hiện có đầy đủ các chi phí (chi phí trực tiếp, chi phí chung, thu nhập chịu thuế tính trước (lãi), thuế GTGT đầu ra) theo quy định hiện hành về quản lý chi phí đầu tư xây dựng. Sau khi gói thầu hoàn thành được nghiệm thu theo đúng quy định hiện hành. Chi nhánh đã quyết toán giá trị gói thầu với Công ty và xuất hóa đơn GTGT theo quy định. Hiện nay dự án đang được kiểm toán để bàn giao đưa vào sử dụng, trong quá trình kiểm toán bên kiểm toán cho rằng đây là gói thầu tự thực hiện nên trong đơn giá thi công không được tính chi phí "Thu nhập chịu thuế tính trước (lãi) và Thuế GTGT đầu ra". Xí nghiệp chúng tôi hàng năm vẫn được công ty giao chỉ tiêu về doanh thu và lợi nhuận trong kế hoạch sản xuất kinh doanh.

Vậy xin hỏi luật sư việc kiểm toán không tính chi phí "Thu nhập chịu thuế tính trước (lãi) và Thuế GTGT đầu ra" có đúng không, vì theo tôi hiểu giữa Chi nhánh và Công ty như là hai đơn vị độc lập trong quá trình thực hiện gói thầu và Công ty ở đây chỉ là đơn vị thay mặt nhà nước làm Chủ đầu tư dự án còn việc Công ty thực hiện một số gói thầu trong dự án thì coi như là một nhà thầu đối với gói thầu đó. Việc tính đơn giá thi công đầy đủ các chi phí theo quy định đối với gói thầu tự thực hiện có được quy định trong các văn bản quy phạm pháp luật nào không. Xin cảm ơn Luật sư.