Theo Khoản 3 Điều 1 Nghị định 22/2020/NĐ-CP quy định:

Khai lệ phí môn bài một lần khi người nộp lệ phí mới ra hoạt động sản xuất, kinh doanh hoặc mới thành lập.

- Người nộp lệ phí mới ra hoạt động sản xuất, kinh doanh hoặc mới thành lập; doanh nghiệp nhỏ và vừa chuyển từ hộ kinh doanh thực hiện khai lệ phí môn bài và nộp Tờ khai cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước ngày 30 tháng 01 năm sau năm mới ra hoạt động sản xuất, kinh doanh hoặc mới thành lập.

- Hộ gia đình, cá nhân, nhóm cá nhân nộp thuế theo phương pháp khoán không phải khai lệ phí môn bài. Cơ quan thuế căn cứ tờ khai thuế, cơ sở dữ liệu ngành thuế để xác định doanh thu kinh doanh làm căn cứ tính mức lệ phí môn bài phải nộp của hộ gia đình, cá nhân, nhóm cá nhân nộp thuế theo phương pháp khoán.

Như vậy, trường hợp doanh nghiệp được miễn nộp phí thuế môn bài thì thực hiện khai lệ phí môn bài và nộp Tờ khai cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước ngày 30 tháng 01 năm sau năm mới ra hoạt động sản xuất, kinh doanh hoặc mới thành lập.