Khoản 1 Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC có quy định:

"Điều 12. Phương pháp khấu trừ thuế

1. Phương pháp khấu trừ thuế áp dụng đối với cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ bao gồm:

a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ từ một tỷ đồng trở lên và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ, trừ hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư này;

b) Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, trừ hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư này;

c) Tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu, khí nộp thuế theo phương pháp khấu trừ do bên Việt Nam kê khai khấu trừ nộp thay".

Như vậy, nếu doanh nghiệp có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ từ một tỷ đồng trở lên và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ thì phải áp dụng thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ (Pháp luật chỉ cho tự nguyện áp dụng PP khấu trừ chứ không cho tự nguyện áp dụng PP trực tiếp).