Trình tự tố tụng một vụ án hình sự trải qua 3 giai đoạn: Khởi tố, truy tố và xét xử. Đối với từng giai đoạn Bộ luật tố tụng hình sự quy định thẩm quyền và trình tự khác nhau. Qúa trình cụ thể diễn ra như sau: Khi phát hiện có vụ án hình sự theo các căn cứ tại Điều 143 Bộ luật tố tụng hình sự 2015, cơ quan, cá nhân cá thẩm quyền khởi tố vụ án và tiến hành điều tra. Sau khi kết thúc quá trình điều tra, Viện kiểm sát ra quyết định truy tố vụ án dựa vào kết luận điều tra, sau đó sẽ chuyển sang giai đoạn xét xử. Như vậy ứng với từng giai đoạn có được thay đổi tội danh đã khởi tố, ví dụ chuyển khởi tố bị can từ tội trộm cắp sang tội cướp?

Trong giai khởi tố : Điều 156 có quy định : Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra, Viện kiểm sát ra quyết định thay đổi quyết định khởi tố vụ án hình sự khi có căn cứ xác định tội phạm đã khởi tố không đúng với hành vi phạm tội xảy ra; ra quyết định bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự khi có căn cứ xác định còn tội phạm khác chưa bị khởi tố.  Như vậy khi có căn cứ về tội danh không đúng, cơ quan có thẩm quyền ra quyết định thay đổi hoặc bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự và phải gửi quyết định kèm theo các tài liệu liên quan đến việc thay đổi hoặc bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự cho Viện kiểm sát cùng cấp hoặc Viện kiểm sát có thẩm quyền để kiểm sát việc khởi tố.

Trong giai đoạn truy tố vụ án: Khi xem xét kết quả điều tra, Viện kiểm sát có thể ra quyết định truy tố vụ án hoặc không. Trong trường hợp nhận thấy tội danh đã khởi tố không đúng, Viện kiểm sát có thể trả lại hồ sơ yêu cầu điều tra bổ sung. Khi đó cơ quan điều tra sẽ thay đổi tội danh đúng. Nếu cơ quan điều tra không đồng ý việc thay đổi tội danh thì Viện kiểm sát có thể đình chỉ vụ án đã khởi tố và ra quyết định khởi tố vụ án mới với tội danh khác.

Trong trường hợp vụ án đã bước vào giai đoạn xét xử: Theo điều 298,Tòa án có thể xét xử bị cáo theo khoản khác với khoản mà Viện kiểm sát đã truy tố trong cùng một điều luật hoặc về một tội khác bằng hoặc nhẹ hơn tội mà Viện kiểm sát đã truy tố.  Trường hợp xét thấy cần xét xử bị cáo về tội danh nặng hơn tội danh Viện kiểm sát truy tố thì Tòa án trả hồ sơ để Viện kiểm sát truy tố lại và thông báo rõ lý do cho bị cáo hoặc người đại diện của bị cáo, người bào chữa biết.