Theo khoản 4 Điều 9 (Khoản này được sửa đổi bởi Khoản 3 Điều 1 Thông tư 37/2017/TT-BTC) và Điểm d Khoản 2 Điều 16 Thông tư 39/2014/TT-BTC hướng dẫn thi hành Nghị định 51/2010/NĐ-CP và 04/2014/NĐ-CP quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành: 

"Trường hợp tổ chức có các đơn vị trực thuộc, chi nhánh có sử dụng chung mẫu hóa đơn của tổ chức nhưng khai thuế giá trị gia tăng riêng thì từng đơn vị trực thuộc, chi nhánh phải gửi Thông báo phát hành cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Trường hợp tổ chức có các đơn vị trực thuộc, chi nhánh có sử dụng chung mẫu hóa đơn của tổ chức nhưng tổ chức thực hiện khai thuế giá trị gia tăng cho đơn vị trực thuộc, chi nhánh thì đơn vị trực thuộc, chi nhánh không phải Thông báo phát hành hóa đơn.
...
Trường hợp tổ chức kinh doanh có nhiều đơn vị trực thuộc trực tiếp bán hàng hoặc nhiều cơ sở nhận ủy nhiệm cùng sử dụng hình thức hóa đơn đặt in có cùng ký hiệu theo phương thức phân chia cho từng cơ sở trong toàn hệ thống thì tổ chức kinh doanh phải có sổ theo dõi phân bổ số lượng hóa đơn cho từng đơn vị trực thuộc, từng cơ sở nhận ủy nhiệm. Các đơn vị trực thuộc, cơ sở nhận ủy nhiệm phải sử dụng hóa đơn theo thứ tự từ số nhỏ đến số lớn trong phạm vi số hóa đơn được phân chia.

Trường hợp tổ chức kinh doanh có nhiều cơ sở bán hàng hoặc nhiều cơ sở được ủy nhiệm đồng thời cùng sử dụng một loại hóa đơn tự in, hóa đơn điện tử có cùng ký hiệu theo phương thức truy xuất ngẫu nhiên từ một máy chủ thì tổ chức kinh doanh phải có quyết định phương án cụ thể về việc truy xuất ngẫu nhiên của các cơ sở bán hàng và đơn vị được ủy nhiệm. Thứ tự lập hóa đơn được tính từ số nhỏ đến số lớn cho hóa đơn truy xuất toàn hệ thống của tổ chức kinh doanh."

Theo đó, chi nhánh (kể cả chi nhánh hạch toán phụ thuộc) thì cũng được sử dụng hóa đơn. 

Việc ký trên hóa đơn, nếu lúc thành lập chi nhánh, công ty đã quy định rõ chi nhánh có quyền kinh doanh, hoạt động mua bán hàng hóa thì trưởng chi nhánh có quyền ký trên hóa đơn mà không cần ủy quyền từ công ty.