Tổ chức, cá nhân trả thu nhập có phát sinh khấu trừ thuế thu nhập cá nhân khai thuế theo tháng hoặc quý. Việc khai thuế theo tháng hoặc quý được xác định một lần kể từ tháng đầu tiên có phát sinh khấu trừ thuế và áp dụng cho cả năm. Cụ thể như sau:

- Nếu doanh nghiệp thuộc đối tượng khai thuế GTGT theo quý, thì sẽ khai thuế TNCN theo quý (ưu tiên). Nếu doanh nghiệp thuộc đối tượng khai thuế GTGT theo tháng, thì ta mới xét tiếp. Nếu phát sinh số thuế khấu trừ trong tháng của ít nhất một loại tờ khai thuế thu nhập cá nhân từ 50 triệu đồng trở lên khai thuế theo tháng, ngược lại thì khai theo quý.

- Nếu trong tháng hoặc quý, tồ chức, cá nhân trả thu nhập không phát sinh khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (không có ai đến mức phải đóng thuế TNCN ) thì không phải khai thuế (không phải nộp tờ khai thuế TNCN​​​​​

Ví dụ 1: Năm 2015 Công ty A được xác định thuộc diện khai thuế GTGT theo quý thì năm 2015 Công ty A thuộc diện khai thuế TNCN theo quý, không phân biệt trong năm 2015 Công ty A thực tế có phát sinh khấu trừ thuế TNCN trên 50 triệu đồng hay dưới 50 triệu đồng.

Ví du 2: Năm 2015 Công ty A được xác định thuộc diện khai thuế GTGT theo tháng; tháng 1, tháng 2 không phát sinh khấu trừ thuế TNCN của bất kỳ tờ khai nào; tháng 3 phát sinh khấu trừ thuế TNCN tại Tờ khai số 02/KK-TNCN nhỏ hơn 50 triệu đồng và Tờ khai 03/KK-TNCN là 50 triệu đồng(hoặc lớn hơn 50 triệu dồng); Các tháng 4 đến tháng 12 phát sinh khấu trừ thuế TNCN tại các Tờ khai 02/KK-TNCN và 03/KK-TNCN nhỏ hơn 50 triệu đồng thì Công ty A không phái nộp tờ khai của các tháng 1 và tháng 2. Từ tháng 3 Công ty A được xác định thuộc diện khai thuế TNCN theo tháng.

Ví dụ 3: Năm 2015 Công ty A được xác định thuộc diện khai thuế GTGT theo tháng; tháng 1, tháng 2 không phát sinh khấu trừ thuế TNCN cùa bất kỳ tờ khai nào; tháng 3 phát sinh khấu trừ thuế TNCN tại Tờ khai số 02/KK-TNCN nhỏ hon 50 triệu đồng và Tờ khai 03/KK-TNCN nhỏ hơn 50 triệu đồng; các tháng 4 đến tháng 12 phát sinh khấu trừ thuế TNCN tại các Tờ khai 02/KK-TNCN và 03/KK-TNCN đều từ 50 triệu đồng trở lên thì Công ty A không phải nộp tờ khai của các tháng 1 và tháng 2. Từ tháng 3 Công ty A được xác định thuộc diện khai thuế TNCN theo quý và thực hiện khai thuế theo quý từ quý I/2015.

Căn cứ pháp lý: Điều 16 của Thông tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 83/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành