Bên e làm về dịch vụ khoa học kỹ thuật.năm 2011 có ký hợp đồng với chi cục quản lý đê điều Hưng Yên.tổng giá trị hợp đồng là hơn 300tr(chưa VAT) nhưng bên chi cục quản lý đê điều nói.chỉ trả số tiền hơn 300tr đó thôi.chứ k trả phần thuế.và hợp đồng cũng k ghi số tiền thuế. tháng 9/2011 chị kế toán cũ có xuất hóa đơn đầu ra ghi không chịu thuế.khi kê vào bảng kê PL01-2GTGT chị ấy có kê 3 hóa đơn vào mục 3 hàng hóa dịch vụ dùng chung cho sản xuất kinh doanh chịu thuế và không chịu thuế đủ điều kiện khấu trừ giá trị VAT là 3455182 vì vậy khi lên tờ khai tổng số thuế được khấu trừ bị giảm đi 3.455.182.nhưng trong sổ sách kế toán thì vẫn kê khoản này nên giữa sổ với tờ khai đang bị lệch nhau số tiền thuế là 3.455.182.vậy phải giải quyết thế nào ạ.a chị giúp e với