Căn cứ theo quy định tại Khoản 2 Điều 29 Thông tư 39/2014/TT-BTC thì các trường hợp thực hiện hủy hóa đơn bao gồm:

- Hóa đơn đặt in bị in sai, in trùng, in thừa phải được hủy trước khi thanh lý hợp đồng đặt in hóa đơn.

- Tổ chức, hộ, cá nhân có hóa đơn không tiếp tục sử dụng phải thực hiện hủy hóa đơn. Thời hạn hủy hóa đơn chậm nhất là ba mươi (30) ngày, kể từ ngày thông báo với cơ quan thuế. Trường hợp cơ quan thuế đã thông báo hóa đơn hết giá trị sử dụng (trừ trường hợp thông báo do thực hiện biện pháp cưỡng chế nợ thuế), tổ chức, hộ, cá nhân phải hủy hóa đơn, thời hạn hủy hóa đơn chậm nhất là mười (10) ngày kể từ ngày cơ quan thuế thông báo hết giá trị sử dụng hoặc từ ngày tìm lại được hóa đơn đã mất.

- Các loại hóa đơn đã lập của các đơn vị kế toán được hủy theo quy định của pháp luật về kế toán.

- Các loại hóa đơn chưa lập nhưng là vật chứng của các vụ án thì không hủy mà được xử lý theo quy định của pháp luật.

Theo đó, trong quá trình sản xuất và kinh doanh, nếu doanh nghiệp gặp phải các trường hợp sau:

- Thay đổi địa điểm kinh doanh làm thay đổi cơ quan quản lý thuế trực tiếp và doanh nghiệp không muốn tiếp tục sử dụng số hóa đơn đã phát hành nhưng chưa sử dung hết;

- Được cơ quan thuế chấp thuận ngưng sử dụng mã số thuế (còn gọi là đóng mã số thuế);

- Phát hành loại hóa đơn mới thay thế hóa đơn đã thông báo phát hành mà chưa sử dụng hết;

- Không tiếp tục sử dụng hóa đơn đã mua từ cơ quan thuế;

- Hóa đơn đặt in bị in sai, in trùng, in thừa;

Thì doanh nghiệp phải tiến hành thủ tục hủy hóa đơn.