Bộ hồ sơ chứng từ nhập khẩu bao gồm:

- Hợp đồng nhập khẩu ( Sales Contract)

- Hóa đơn thương mại ( Invoice)

- Phiếu đóng gói ( P/L)

- Vận đơn (B/L)

- Giấy báo nhận hàng hoặc lệnh giao hàng (D/O)

- Giấy kiểm định chất lượng hàng hóa ( đối với mặt hàng bắt buộc phải kiểm tra)

- Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa C/O (đối với một số trường hợp)

- Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh của doanh nghiệp

Khi lập tờ khai hải quan thì hiện nay các công ty tiến hành khai báo hàng nhập khẩu bằng phần mềm khai báo hải quan để khai hải quan điện tử và nhập đầy đủ các thông tin cần thiết. Những thông tin trên tờ khai hải quan phải phù hợp và trùng khớp với những chứng từ liên quan như: hợp đồng, hóa đơn thương mại, bảng chi tiết đóng gói hàng hóa, vận tải đơn, giấy chứng nhận xuất xứ, lệnh giao hàng.

Sau khi chuẩn bị đầy đủ bộ chứng từ khai hải quan thì nhân viên sẽ truyền dữ liệu khai báo từ xa qua phần mềm đại lý hải quan điện tử để truyền tới hệ thống máy tiếp nhận của Hải quan VNACCS/VCIS và hệ thống tiếp nhận của Hải quan sẽ phản hồi lại cho doanh nghiệp số tiếp nhận của bộ hồ sơ trên. Nhân viên thực hiện sẽ ghi lại số tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra hồ sơ thực tế và dữ liệu đã truyền trước đó, duyệt bộ hồ sơ, in lệnh hình thức và mức độ kiểm tra. 

Hải quan sẽ kiểm tra việc chấp hành pháp luật Hải quan của doanh nghiệp trên hệ thống mạng Hải quan và đưa ra đề xuất doanh nghiệp đóng thuế ngay khi làm thủ tục hoặc được ân hạn thuế 30 ngày và mức độ xử lý đối với bộ hồ sơ theo đề xuất từ kết quả của hệ thống và của công chức đăng ký trên lệnh hình thức. Lãnh đạo chi cục sẽ ký vào lệnh hình thức ở mục hàng hóa được thông quan.