Vấn đề này được quy định tại khoản 5 Điều 5 Thông tư 219/2013/TT-BTC:

"Điều 5. Các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT

...

5. Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trên hóa đơn GTGT, ghi dòng giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi, gạch bỏ.

Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng khác như hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo mức thuế suất 5% hướng dẫn tại khoản 5 Điều 10 Thông tư này."

Theo đó, nếu công ty bán nông sản chưa qua chế biến cho doanh nghiệp khác thì sẽ không chịu thuế GTGT, bao giờ bán cho hộ, cá nhân kinh doanh hoặc cá nhân, tổ chức khác (dạng như bán lẻ) thì mới phải chịu thuế GTGT 5%.