Trước hết, đối với khu công nghiệp thì đây được xem là khu phi thuế quan theo các quy định của luật. Theo Khoản 1 Điều 4 Luật thuế xuất khẩu, nhập khẩu 2016 quy định thì khu phi thuế quan được hiểu là khu vực kinh tế nằm trong lãnh thổ Việt Nam, được thành lập theo quy định của pháp luật, có ranh giới địa lý xác định, ngăn cách với khu vực bên ngoài bằng hàng rào cứng, bảo đảm điều kiện cho hoạt động kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan của cơ quan hải quan và các cơ quan có liên quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và phương tiện, hành khách xuất cảnh, nhập cảnh.

Khu phi thuế quan bao gồm: khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho bảo thuế, khu bảo thuế, kho ngoại quan, khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại - công nghiệp và các khu vực kinh tế khác được thành lập và được hưởng các ưu đãi về thuế như khu phi thuế quan theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ. Quan hệ mua bán trao đổi hàng hóa giữa các khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.

Theo đó, dựa trên quy định tại Khoản 20 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC, đối với các mặt hàng bán vào khu công nghiệp, khu chế xuất thì không phải chịu thuế GTGT, thay vào đó quan hệ mua bán hàng hóa đối với khu công nghiệp là quan hệ xuất - nhập khẩu. Do đó, khi bán hàng hóa vào khu công nghiệp thì có thể xuất hóa đơn 0% VAT. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần thực hiện một số thủ tục cụ thể:

- Phải làm thủ tục hải quan theo quy định.

- Có chứng từ chứng minh nguồn gốc hàng hóa, hợp đồng bán, gia công, vận chuyển…

Nếu doanh nghiệp không làm đủ thủ tục, sẽ không được hưởng mức thuế xuất VAT 0%.  Trường hợp này, phải xuất hóa đơn VAT 10% như bình thường.

Tuy nhiên, 1 số mặt hàng sẽ được lựa chọn làm hoặc không làm thủ tục hải quan:

+ Hàng tiêu dùng, DNCX mua từ nội địa, phục vụ cho

+ Điều hành bộ máy văn phòng

+ Sinh hoạt của cán bộ, công nhân làm việc

-  Một số mặt hàng sẽ không được tính mức thuế xuất 0%, bao gồm:

+ Dịch vụ bưu chính, viễn thông chiều đi ra nước ngoài (bao gồm cả dịch vụ bưu chính viễn thông cung cấp cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan;

+ Cung cấp thẻ cào điện thoại di động đã có mã số, mệnh giá đưa ra nước ngoài hoặc đưa vào khu phi thuế quan)

+ Sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác

+ Hàng hoá, dịch vụ cung cấp cho cá nhân không đăng ký kinh doanh trong khu phi thuế quan, trừ các trường hợp khác theo quy định của Thủ tướng Chính phủ

+ Xăng, dầu bán cho xe ô tô của cơ sở kinh doanh trong khu phi thuế quan mua tại nội địa

+ Xe ô tô bán cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan

+ Các dịch vụ do cơ sở kinh doanh cung cấp cho tổ chức, cá nhân ở trong khu phi thuế quan bao gồm: Cho thuê nhà, hội trường, văn phòng, khách sạn, kho bãi; Dịch vụ vận chuyển đưa đón người lao động; Dịch vụ ăn uống (trừ dịch vụ cung cấp suất ăn công nghiệp, dịch vụ ăn uống trong khu phi thuế quan).