Áp dụng phươn pháp tính thuế theo phương pháp nào

Chào Luật sư !
 

Luật sư cho tôi hỏi, công ty tôi có 3 cửa hàng kinh doanh trực thuộc hạch toán phụ thuộc. Doanh thu của cả 3 cửa hàng năm 2013 là > 1 tỷ . 3 cửa hàng này năm 2014 chúng tôi có đóng thuế môn bài. Đến T2/2014 3 cửa hàng trên được tách ra thành Công ty CP về chức năng,chuyên môn không thay đổi chỉ thay đổi về pháp nhân. Vậy xin luật sư cho hỏi Công ty CP mới tách ra của chúng tôi có được áp dụng phương pháp tính thuế theo phương pháp khấu trừ không hay phải theo phương pháp trực tiếp như thông tư 219/TT-BTC ? và chúng tôi có phải nộp lại thuế môn bài không. Để được áp dụng phương pháp tính thuế theo phương pháp khấu trừ đối với doanh nghiệp có doanh thu trên 1 tỷ chúng tôi phải làm gì ?

Mong  Luật sư hướng dẫn cho chúng tôi. Xin chân thành cảm ơn !