Theo đó sẽ áp dụng những quy định sau:

Căn cứ Thông tư liên tịch 02/2012/TTLT-BYT-BNV-BTC:

"Điều 3. Thời gian không được tính hưởng phụ cấp ưu đãi theo nghề y tế

1. Thời gian đi công tác, làm việc, học tập ở nước ngoài hưởng 40% tiền lương theo quy định tại khoản 4 Điều 8 Nghị định số 204/2004/NĐ-CP;

2. Thời gian đi học tập ở trong nước liên tục trên 3 tháng, không trực tiếp làm chuyên môn y tế theo nhiệm vụ được phân công đối với công chức, viên chức;

3. Thời gian nghỉ việc không hưởng lương liên tục từ 1 tháng trở lên;

4. Thời gian nghỉ việc hưởng bảo hiểm xã hội theo quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội;

5. Thời gian tạm giam, tạm giữ, tạm đình chỉ công tác hoặc đình chỉ làm chuyên môn y tế từ 1 tháng trở lên.

6. Thời gian được cơ quan có thẩm quyền điều động đi công tác, làm việc không trực tiếp làm chuyên môn y tế liên tục từ 1 tháng trở lên."

Mà theo quy định của Luật BHXH 2014 có quy định như sau:

"Điều 26. Thời gian hưởng chế độ ốm đau

...

2. Người lao động nghỉ việc do mắc bệnh thuộc Danh mục bệnh cần chữa trị dài ngày do Bộ Y tế ban hành thì được hưởng chế độ ốm đau như sau:

a) Tối đa 180 ngày tính cả ngày nghỉ lễ, nghỉ Tết, ngày nghỉ hằng tuần;

b) Hết thời hạn hưởng chế độ ốm đau quy định tại điểm a khoản này mà vẫn tiếp tục điều trị thì được hưởng tiếp chế độ ốm đau với mức thấp hơn nhưng thời gian hưởng tối đa bằng thời gian đã đóng bảo hiểm xã hội."

Như vậy nếu Viên chức mắc bệnh thuộc Danh mục bệnh cần chữa trị dài ngày do Bộ Y tế ban hành và đang hưởng chế độ ốm đau theo Luật BHXH 2014 thì sẽ không được phụ cấp ưu đãi nghề.