Trường hợp 1: Nếu nhập khẩu giống cây trồng thuộc Điều 1 Thông tư 43/2018/TT-BNNPTNT thì phải được cơ quan có thẩm quyền thuộc Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn cấp giấy phép nhập khẩu.

"1. Phạm vi điều chỉnh

Thông tư này quy định:

1. Hồ sơ, thời hạn, cơ quan cấp giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu một số hàng hóa thuộc phạm vi quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, bao gồm:

a) Xuất khẩu giống cây trồng nông nghiệp có trong Danh mục giống cây trồng cấm xuất khẩu để phục vụ nghiên cứu khoa học, hợp tác quốc tế, hội chợ, triển lãm, làm quà tặng;

b) Nhập khẩu giống cây trồng nông nghiệp chưa có trong Danh mục giống cây trồng được phép sản xuất, kinh doanh để nghiên cứu, khảo nghiệm, sản xuất thử, hợp tác quốc tế, làm mẫu tham gia triển lãm, làm quà tặng hoặc để thực hiện các chương trình, dự án đầu tư (trừ trường hợp giống cây trồng chưa có trong Danh mục giống cây trồng được phép sản xuất, kinh doanh nhưng đã được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn công nhận là giống cây trồng nông nghiệp mới); 

... 

Quy định về hồ sơ, thời hạn, cơ quan cấp giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu giống cây trồng nông nghiệp được quy định tại Điều 3, Thông tư 43/2018/TT-BNNPTNT

Ngoài thủ tục xin cấp giấy phép nhập khẩu hạt giống, thủ nhập nhập khẩu trong trường hợp này tương tự như trường hợp 2 phía dưới đây.  

Trường hợp 2: Nếu hạt giống nhập khẩu không thuộc đối tượng điều chỉnh của Thông tư 43/2018/TT-BNNPTNT nêu trên thì thủ tục nhập khẩu chủ yếu liên quan đến hải quan và kiểm dịch thực vật (nếu thuộc Danh mục thực vật phải điểm dịch).

- Thủ tục nhập khẩu theo Điều 16 Thông tư 38/2015/TT-BTC, được sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC.

- Thủ tục kiểm dịch thực vật theo Thông tư 33/2014/TT-BNNPTNT:

Điều 2. Danh mục vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật phải phân tích nguy cơ dịch hại trước khi nhập khẩu vào Việt Nam

Điều 7. Trình tự thủ tục kiểm dịch thực vật nhập khẩu

Lưu ý khoản 1 về đăng ký kiểm dịch thực vật được sửa đổi bởi Khoản 2 Điều 1 Thông tư 34/2018/TT-BNNPTNT

Liên quan đến các danh mục về hàng hóa thuộc diện quản lý chuyên ngành nông nghiệp:

- Nghị định 69/2018/NĐ-CP  hướng dẫn Luật Quản lý ngoại thương 

"Điều 5. Hàng hóa cấm xuất khẩu, cấm nhập khẩu

1. Hàng hóa cấm xuất khẩu, cấm nhập khẩu thực hiện theo quy định tại các văn bản pháp luật hiện hành và Danh mục hàng hóa cấm xuất khẩu, cấm nhập khẩu quy định tại Phụ lục I Nghị định này".

- Thông tư 15/2018/TT-BNNPTNT về bảng mã số HS đối với Danh mục hàng hóa thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn

"Điều 1. Ban hành kèm theo Thông tư này:

1. Phụ lục I. Bảng mã số HS đối với danh mục hàng hóa thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, cụ thể:

..."