Nguyên tắc xử lý trong pháp luật Hình sự được cụ thể hóa tại Điều 3 Bộ Luật Hình sự hiện hành. Nội dung các điều luật cụ thể hóa một số nguyên tắc trong Luật Hình sự như nguyên tắc không tránh khỏi trách nhiệm, bình đẳng, nhân đạo. Hay nói cách khác khi áp dụng Bộ Luật Hình sự để xử lý người phạm tội, đòi hỏi người áp dụng quán triệt những quan điểm, tư tưởng đã được ghi nhận xuyên suốt. 

Theo đó, mọi hành vi phạm tội do người thực hiện phải được phát hiện kịp thời, xử lý nhanh chóng, công minh theo đúng pháp luật. Yêu cầu này nói lên rằng bất kỳ ai, hễ phạm tội đều phải chịu trách nhiệm hình sự. Việc xử lý người phạm tội phải đảm bảo đúng pháp luật và phải đảm bảo mọi người được bình đẳng trước pháp luật. Điều đó không có nghĩa là mọi hành vi phạm tội đều nhất thiết phải chịu hình phạt. Bộ Luật Hình sự hiện hành đã có những quy định cho phép cơ quan tiến hành tố tụng nói chung và Tòa án nói riêng căn cứ và tính chất, mức độ nguy hiểm cho xã hội của hành vi phạm tội, các tình tiết giảm nhẹ, nhân thân người phạm tội để có thể miễn trách nhiệm hình sự, miễn hình phạt, phạt tù nhưng cho hưởng án treo. 

Một trong những nguyên tắc trong đó là phải xử lý công minh đúng pháp luật. Xử lý “nghiêm” có nghĩa là mọi hành vi phạm tội phải bị xử lý không được bỏ qua. Xử lý “minh” là xử lý đúng người, đúng tội, đúng tính chất và mức độ của tội phạm. Nghiêm phải đi đôi với minh. Xử lý nghiêm mà không minh dẫn đến tình trạng lạm dụng Luật để trừng trị tràn lan. Như vậy, nguyên tắc xử lý nghiêm minh đòi hỏi các biện pháp xử lý về hình sự phải phù hợp với tính chất và mức độ của tội phạm, với mức độ lỗi và mức độ nguy hiểm cho xã hội, phù hợp với nhân thân người phạm tội.

Bên cạnh đó, nguyên tắc nhân đạo xử lý khoan hồng của Nhà nước trong xử lý tội phạm cho thấy cần xác định đúng đối tượng để áp dụng chính sách khoan hồng để vừa thể hiện tinh thần nhân đạo vừa đạt hiệu quả trong phòng ngừa tội phạm.