Cháo Luật Sư!

Đầu tháng 5/2014 Công ty em có nhận được thông báo của Chị Quản lý thuế về việc hóa đơn giá trị gia tăng hết hạn sử dụng từ ngày 01/1/2014 với lý do Công ty không đăng ký Mẫu 06/GTGT- Thông báo áp dụng phương pháp tính thuế GTGT. (Do chị kế toán nghỉ thai sản)

Em.đã lên gặp chị Quản lý thuế thì được hướng dẫn làm mẫu 06/GTGT kê khai thuế theo phương pháp trực tiếp, đặt in hóa đơn bán hàng, hủy hóa đơn cũ, thông báo phát hành hủy đơn mới,  (Công ty em đã làm xong các thủ tục này rồi) và thu hồi hóa đơn đã xuất cho khách hàng từ tháng 1/2014 cho đến nay. 

Công ty em kinh doanh ngành dịch vụ khách sạn, khách hàng ở nhiều vùng miền khác nhau nên việc thu hồi lại hóa đơn rất khó khăn. Và hóa đơn mới đặt in đã xuất cho khách hàng từ ngày 20/5/2014

Xin Luật  sư tư vấn giúp em những hóa đơn đã xuất cho khách hàng từ tháng 1-4/2014 thì xử lý như thế nào, và tiền thuế GTGT được khấu trừ năm 2013 chuyển qua năm 2014 là 2,200,000đ xử lý thế nào.

Em xin chân thành cảm ơn!