Tại Khoản 6 Điều 3 Nghị định 139/2016/NĐ-CP (được sửa đổi bổ sung bởi Nghị định 22/2020/NĐ-CP) quy định thì Hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã (bao gồm cả chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh) hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp theo quy định của pháp luật về hợp tác xã nông nghiệp là đối tượng được miễn lệ phí môn bài.

Theo quy định của pháp luật về hợp tác xã nông nghiệp, cụ thể là Thông tư 06/2019/TT-BNNPTNT quy định về hoạt động đặc thù, chế độ báo cáo của hợp tác xã nông nghiệp và trách nhiệm quản lý nhà nước các cấp đối với hợp tác xã nông nghiệp do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành quy định:

"Điều 1. Phạm vi điều chỉnh

Thông tư này quy định về hoạt động đặc thù, chế độ báo cáo của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã hoạt động trong các lĩnh vực: trồng trọt, chăn nuôi, lâm nghiệp, ngư nghiệp (thủy sản), diêm nghiệp, thủy lợi, nước sạch nông thôn (sau đây gọi chung là hợp tác xã nông nghiệp) và trách nhiệm quản lý nhà nước của các cấp, ngành nông nghiệp (tỉnh, huyện, xã) đối với hợp tác xã nông nghiệp.

…”

Như vậy, hợp tác xã nông nghiệp là các hợp tác xã hoạt hoạt động trong các lĩnh vực: trồng trọt, chăn nuôi, lâm nghiệp, ngư nghiệp (thủy sản), diêm nghiệp, thủy lợi, nước sạch nông thôn. Nếu đơn vị anh/chị hoạt động trong các lĩnh vực này thì được miễn thuế môn bài. Quy định này xác định theo lĩnh vực, không yêu cầu cụ thể là phải là sản xuất ra sản phẩm mới được xác định là hợp tác xã nông nghiệp.