Theo điều 11, thông tư 86/2013/TT-BTC, thì hồ sơ đề nghị công nhận doanh nghiệp ưu tiên gồm:

1.    Văn bản đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên

2.    Báo cáo tình hình, thống kê số liệu xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp trong hai năm gần nhất

3.    Báo cáo chấp hành pháp luật hai năm gần nhất

4.    Bản tự phân tích, đánh giá hoạt động kinh doanh, tình hình tài chính của doanh nghiệp

5.    Bản tự đánh giá về hệ thống kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp và quy trình tác nghiệp nội bộ

6.    Bản sao hợp lệ Báo cáo tài chính hai năm gần nhất đã được kiểm toán

7.    Bản sao hợp lệ Giấy chứng nhận đầu tư và Giấy phép kinh doanh

8.    Các tài liệu khác có liên quan