Theo Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành:

"Điều 13. Phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng

...

2. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu áp dụng như sau:

a) Đối tượng áp dụng:

- Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm dưới mức ngưỡng doanh thu một tỷ đồng, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế quy định tại khoản 3 Điều 12 Thông tư này;

- Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện theo hướng dẫn tại khoản 3 Điều 12 Thông tư này;

- Hộ, cá nhân kinh doanh;

- Tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam không theo Luật Đầu tư và các tổ chức khác không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật, trừ các tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu khí.

- Tổ chức kinh tế khác không phải là doanh nghiệp, hợp tác xã, trừ trường hợp đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ."

Theo đó, chỉ có những đối tượng nêu trên thì mới được áp dụng phương pháp trực tiếp.

Do đó, doanh nghiệp đã có doanh thu trên 01 tỷ đồng thì không được áp dụng phương pháp trực tiếp nữa, cho nên lúc này phải chuyển sang phương pháp khấu trừ chứ không được lựa chọn gì cả.