Hiện nay, có một sự mâu thuẫn trong quy định về áp dụng chế tài vừa phạt vi phạm, vừa bồi thường thiệt hại giữa BLDS 2015 và Luật Thương mại 2005. Bộ luật Dân sự với áp dụng chung đối với các giao dịch dân sự quy định:

“3. Các bên có thể thỏa thuận về việc bên vi phạm nghĩa vụ chỉ phải chịu phạt vi phạm mà không phải bồi thường thiệt hại hoặc vừa phải chịu phạt vi phạm và vừa phải bồi thường thiệt hại.

Trường hợp các bên có thỏa thuận về phạt vi phạm nhưng không thỏa thuận về việc vừa phải chịu phạt vi phạm và vừa phải bồi thường thiệt hại thì bên vi phạm nghĩa vụ chỉ phải chịu phạt vi phạm”

Theo đó, nếu các bên muốn áp dụng vừa chế tài phạt vi phạm, vừa bồi thường thiệt hại do vi phạm nghĩa vụ thì cần phải nêu rõ trong hợp đồng. Ngược lại, nếu chỉ thỏa thuận về phạt vi phạm thì quyền yêu cầu bồi thường thiệt hại mặc nhiên sẽ không còn nữa.

Tuy nhiên, theo quy định của khoản 2 Điều 307 Luật Thương mại 2005: “2. Trường hợp các bên có thỏa thuận phạt vi phạm thì bên bị vi phạm có quyền áp dụng cả chế tài phạt vi phạm và buộc bồi thường thiệt hại, trừ trường hợp Luật này có quy định khác.”

Phạt vi phạm và Bồi thường thiệt hại rõ ràng là hai chế tài được đặt ra với những mục đích khác nhau, cơ chế và căn cứ áp dụng cũng có sự khác biệt rõ rệt. Do đó, quy định của Luật Thương mại về mối quan hệ giữa phạt vi phạm và bồi thường thiệt hại ngoài hợp đồng có hướng tiếp cận phù hợp hơn. Tuy nhiên, do Bộ luật Dân sự có phạm vi áp dụng chung và Luật Thương mại là luật chuyên ngành nên có thế thấy trường hợp có thể áp dụng đồng thời cả hai chế tài khi chỉ có thỏa thuận về phạt vi phạm chỉ giới hạn trong lĩnh vực mà Luật Thương mại được áp dụng.

Như vậy, có thể thấy hiện nay quy định về việc áp dụng đồng thời chế tài phạt vi phạm và bời thường thiệt hại được quy định tại Bộ luật Dân sự và Luật Thương mại không đồng nhất với nhau có thế dẫn đến sự khó khăn cho các bên trong việc tạo lập hợp đồng và áp dụng các chế tài phù hợp khi có hành vi vi phạm xảy ra.