Kính gửi Luật sư!

Theo quy định tại Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12, nghị định số 123/2008/NĐ-CP hướng dẫn thi hành luật thuế GTGT cũng như thông tư 129/2008/TT-BTC hướng dẫn thi hành luật thuế GTGT và nghị định trên thì để được khấu trừ thuế GTGT đầu vàođối với những hóa đơn hàng hóa, dịch vụ có giá trị thanh toán (đã bao gồm thuế GTGT) từ 20 triệu VNĐ doanh nghiệp bắt buộc phải thanh toán qua ngân hàng. Nhằm giải thích rõ cho quy định này, ngày 20/03/2009 Bộ tài chính ban hành công văn số3046/BTC-TCT giải thích về điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để được khấu trừ, hòan thuế GTGT. Theo đó, công văn nêu rõ:

“1. Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hoá, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành .

2. Các chứng từ sau đây không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên theo quy định tại Thông tư số 129/2008/TT-BTC:

- Chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán. 
- Chứng từ thanh toán theo các hình thức không phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành.”

 Nhưng theo quy định hiện hành tại quyết định số 1092/2002/QĐ-NHNN thì các dịch vụ thanh toán qua hệ thống ngân hàng sẽ bao gồm:
“- Thanh toán bằng lệnh chi (hoặc uỷ nhiệm chi);
- Thanh toán bằng Séc;
- Thanh toán bằng nhờ thu hoặc uỷ nhiệm thu;
- Thanh toán bằng thẻ ngân hàng;
- Thanh toán bằng thư tín dụng;
- Các dịch vụ thanh toán trong nước khác theo quy định của pháp luật."

Mặt khác, theo quy định tại quyết định số 448/2000/QĐ-NHHH2 do Ngân hàng nhà nước ban hành ngày 20/10/2000 thì “Dịch vụ thanh toán qua Ngân hàng (gọi tắt là Dịch vụ thanh toán): là công việc do Ngân hàng thực hiện theo yêu cầu của khách hàng, nhằm phục vụ trực tiếp cho việc thanh toán và chuyển tiền của khách hàng qua Ngân hàng theo quy định hiện hành của Ngân hàng Nhà nước.”

Như vậy, theo 2 quy định đã nêu trên thì có thể hiểu rằng : doanh nghiệp thực hiện thanh toán theo phương thức nộp tiền vào tài khỏan của nhà cung cấp tại 1 ngân hàng họăc việc thanh toán cho nhà cung cấp thông qua hình thức thanh toán Séc cũng phải được hiểu là dịch vụ thanh toán qua ngân hàng và điều này là không hề vi phạm pháp luật vì đây là các dịch vụ mà các ngân hàng được phép thực hiện và Ngân hàng nhà nước cũng đã định nghĩa rằng đây là các dịch vụ "thanh toán qua ngân hàng "?

Như vậy, có thể nói, trước khi Bộ tài chính có công văn số 3046/BTC-TCT ngày 20/3/2009 thì Quy định "Thanh toán qua ngân hàng" được hiểu theo 1092/2002/QĐ-NHNN và quyết định số 448/2000/QĐ-NHHH2 do Ngân hàng nhà nước ban hành phải không ? và theo đó hình thức thanh toán bằng phương thực nộp tiền trực tiếp vào tài khoản của bên bán nếu hiểu theo các Quyết định nêu trên của Ngân hàng nhà nước thì vẫn được xem là "Thanh toán qua Ngân hàng"

Việc cơ quan Thuế không chấp nhận cho DN kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào của HH, DV có hóa đơn mua hàng trên 20 triệu đồng thanh toán qua ngân hàng theo phương thức nộp tiền trực tiếp vào tài khoản của bên bán trước thời điểm công văn số  3046/BTC-TCT ngày 20/3/2009 của Bộ tài chính có hiệu lực là đúng hay sai?

Nội dung giải thích, hướng dẫn của công văn số 3046/BTC-TCT của Bộ Tài chính có mâu thuẩn với các quyết định của Ngân hàng nhà nước đã nêu trên hay không ?
Rất mong được Luật sư trả lời giúp những vấn đề trên!
Xin trân trọng cảm ơn !