Thời gian gần đây, khi thủ tục đăng ký doanh nghiệp được triển khai hình thức đăng ký qua mạng điện tử, doanh nghiệp có rất nhiều thắc mắc, còn gặp nhiều khó khăn khi gặp thủ tục. Thủ tục đăng ký doanh nghiệp qua mạng điện tử trên thực tế đạt được nhiều ưu điểm: Không tốn kém thời gian, công sức, tiền bạc và có thể nộp hồ sơ mọi lúc mọi nơi, góp phần  thực hiện cải cách thủ tục hành chính trong lĩnh vực doanh nghiệp. Tuy nhiên, bên cạnh đó các doanh nghiêp cũng gặp không ít những vướng mắc khi thực hiện các  thủ tục đăng ký doanh nghiệp này.Để thực hiện thủ tục đăng ký doanh nghiệp qua mạng điện tử, đối với doanh nghiệp cũng không phải dễ dàng:

Thứ nhất: Để thực hiện được thủ tục đăng ký qua mạng, doanh nghiệp phải lập tài khoản cá nhân  trên trang cổng thông tin đăng  kí doanh nghiệp quốc gia hoặc là sử dụng chữ ký số chi phí để mua chữ ký số cũng không hề thấp. Thủ tục tạo tài khoản cho cá nhân cũng không  hề đơn giản. Không phải doanh nghiệp nào cũng có nhân viên am hiểu về công nghệ thông tin để thực hiện.

Thứ 2: Doanh nghiệp phải chuẩn bị máy scan, máy photo vì hồ sơ nộp phải nộp bản Scan, không phải doanh nghiệp nào cũng có máy móc thiết bị đầy đủ.

Thứ 3: Doanh nghiệp không biết thủ tục nào bắt buộc phải làm qua mạng điện tử, thủ tục nào có thể vừa làm qua mạng điện tử vừa có thể nộp hồ sơ  trực tiếp.

Thứ 4: Một số thủ tục, quy trình vẫn phải nộp hồ sơ trực tiếp nhưng cộng thêm thủ tục đăng ký qua mạng điện tử, đơn cử như thủ tục đăng ký tài khoản ngân hàng cho doanh nghiệp, doanh nghiệp vẫn phải chuẩn bị một bộ hồ sơ giấy như nộp trực tiếp, xong rồi phải scan hồ sơ, xong rồi nộp hồ sơ qua mạng điện tử, thủ tục nộp hồ sơ cũng khá phức tạp, phải tìm hiểu nhiều lần mới thực hiện được, xong rồi mới đợi biên nhận của cơ quan đăng ký kinh doanh, cầm biên nhận và hồ sơ giấy để đóng dấu, trong khi đó thủ tục hồ sơ nộp trực tiếp trước đó chỉ cần mang lên đóng dấu là được.

Thứ 5: Hệ thống phần mềm đăng ký doanh nghiệp trực tuyến nhiều khi quá tải, hệ thống bị chậm, bị lỗi, hệ thống hỗ trợ của cơ quan đăng ký kinh doanh cho doanh nghiệp qua điện thoại còn chưa  tốt.

Không thể phủ nhận việc áp dụng công nghệ thông tin vào thủ tục hành chính là một cải cách đột phá, đem lại hiệu quả đáng kể trong về cải cách  thủ tục hành chính nói chung,  và đăng ký doanh nghiệp nói riêng. Nhưng để doanh nghiệp bớt “ lúng túng” khi thực hiện thủ tục cần tăng cường thực hiện tốt công tác tuyên truyền, phổ biến cơ chế chính sách mới, các thủ tục hành chính trên các phương tiện truyền thông, đồng thời có tổng đài giải đáp thắc mắc cho doanh nghiệp khi thực hiện thủ tục gặp khó khăn. Một yếu tố không kém phần quan trọng là đầu tư trang thiết bị, nhân lực phục vụ công tác tại các phòng đăng ký kinh doanh, có văn bản quy định cụ thể thủ tục nào phải đăng ký qua mạng, thủ tục nào phải làm qua mạng điện tử thủ tục nào thì không.