Tại điểm 1.3 , mục III, phần B, Thông tư số129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 cuả Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế Giá trị gia tăng (GTGT) qui định điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào :
“a) Có hoá đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hoá, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
b) Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT ”.
Căn cứ điểm 4 công văn số10220/BTC-TCT ngày 20/07/2009 của Bộ tài chính V/v điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để khấu trừ, hoàn thuế GTGT :
“Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào được thanh toán theo phương thức trả chậm, trả góp có giá trị hàng hoá dịch vụ mua trên 20 triệu đồng, cơ sở kinh doanh vẫn được khấu trừ thuế, đến thời hạn thanh toán nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Sau khi cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh mới có được chứng từ chứng minh việc thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh có quyền khai bổ sung nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế”.
